Le directeur général est nommé par décret après avis du conseil d'administration. Il est choisi parmi les personnes ayant vocation à enseigner à l'Ecole nationale supérieure d'arts et métiers. Son mandat est de cinq ans ; il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs. Il ne peut assurer les fonctions de direction d'un centre d'enseignement et de recherche.

Il préside un comité de direction composé des directeurs des centres, du directeur de la recherche, du directeur des études, du secrétaire général et du chef des services financiers. Le comité de direction est réuni au moins une fois par trimestre par son président ou à la demande d'au moins la moitié de ses membres.

Le directeur des études et le directeur de la recherche sont nommés, pour une durée qui ne saurait excéder le mandat du directeur général, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur sur proposition du directeur général, après avis du conseil d'administration. Le directeur des études est choisi parmi les personnes ayant vocation à enseigner à l'Ecole nationale supérieure d'arts et métiers.

Le secrétaire général est nommé selon les dispositions de l'article 59 de la loi du 26 janvier 1984 précitée.