Le conseil d'instruction délibère à huis-clos, hors de la présence de l'élève et, le cas échéant, de la personne qui l'assiste.
L'avis du conseil d'instruction est émis à la majorité des voix. Les membres avec voix délibérative ne peuvent s'abstenir de voter.
Le président informe les membres du conseil qu'ils sont tenus au secret des délibérations.