Le comité de direction comprend six membres :
1° Le directeur général de l'école ;
2° Le directeur général adjoint ;
3° Le directeur du service de la formation ;
4° Le directeur du service de la recherche et de la documentation ;
5° Le secrétaire général ;
6° Le chargé de mission.
Le comité de direction garantit la cohésion et la cohérence des actions au service de la mission de l'Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse. Il traite de l'actualité de l'école et instruit les sujets qu'il a à connaître.