Le conseil scientifique comprend vingt-cinq membres ainsi répartis :
a) Le directeur général de l'établissement ;
b) Quatorze personnalités désignées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture en raison de leur compétence scientifique ou professionnelle ;
c) Dix membres élus :
― deux représentants des professeurs et personnels assimilés ;
― deux représentants des personnels enseignants et des chercheurs, titulaires d'un doctorat, n'appartenant pas à la catégorie précédente ;
― deux représentants des personnels ingénieurs, assistants ingénieurs et techniciens ;
― deux représentants des personnels scientifiques n'appartenant pas aux effectifs de l'établissement et exerçant leur activité de recherche dans le cadre d'une unité de recherche à laquelle l'établissement participe ;
― deux représentants des étudiants inscrits en doctorat et accueillis dans les unités de recherche de l'établissement.
Le conseil scientifique élit le président en son sein parmi les personnalités désignées au b.
Toute personne désignée par le conseil d'administration ou dont le président du conseil scientifique estime la présence nécessaire assiste aux réunions avec voix consultative.