La présentation croisée, par fonction ou par nature, s'effectue entre le niveau le plus fin de la nomenclature fonctionnelle et chacun des comptes par nature, à quatre chiffres pour le compte relatif aux rémunérations du personnel et à trois chiffres pour les autres comptes. Pour le compte administratif, le croisement s'effectue entre le niveau le plus fin de la nomenclature fonctionnelle et le compte le plus détaillé ouvert dans la nomenclature par nature.
Cette présentation fonctionnelle croisée n'est pas applicable à un service public territorial à activité unique érigé en établissement public ou faisant l'objet d'un budget annexe.