Outre les compétences qu'il tient des articles 5 et 9, le conseil scientifique est saisi de toute question ayant une incidence en matière de recherche. Il propose au conseil d'administration les orientations en matière d'offre de formation et de création de diplômes.
Il est consulté notamment sur :
1° Le contrat d'établissement ;
2° La création ou la suppression des instituts, des unités de recherche et des bibliothèques ainsi que la création d'un service d'activités industrielles et commerciales ;
3° Les profils des directions d'études et des maîtrises de conférences à mettre au concours, ainsi que leurs redéploiements entre sections ;
4° La répartition des crédits de recherche ;
5° Les projets de conventions en matière de recherche.