L'Ecole pratique des hautes études est dirigée par un président. Elle est administrée par un conseil d'administration, assisté d'un conseil scientifique, présidés par le président de l'école.
L'école est composée de sections dont la liste et les champs scientifiques qu'elles couvrent sont fixés par le conseil d'administration, sur proposition du conseil scientifique, à la majorité des deux tiers des membres en exercice.
Elle dispose en outre d'instituts, d'unités de recherche et de bibliothèques.