Les déchets qui ne peuvent pas être valorisés sont éliminés dans des installations réglementées à cet effet en application du titre Ier du livre V du code de l'environnement, dans des conditions permettant d'assurer la protection de l'environnement ; l'exploitant est en mesure d'en justifier l'élimination sur demande de l'inspection des installations classées. Il tiendra à la disposition de l'inspection des installations classées une caractérisation et une quantification de tous les déchets spéciaux générés par ses activités.
Tout brûlage à l'air libre est interdit.
L'arrêté d'autorisation fixe la liste des principaux déchets que l'exploitant est autorisé à éliminer à l'extérieur et à l'intérieur de l'établissement.