Des conseils spécialisés sont créés au sein de l'office pour les secteurs bovin, porcin, ovin, chevalin, des volailles de chair et des oeufs. En outre, d'autres conseils spécialisés peuvent être créés en tant que de besoin par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et, le cas échéant, conjointement par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'industrie, après avis du conseil de direction..
Ces conseils spécialisés sont plus particulièrement chargés d'étudier les mesures de régularisation des marchés de leur secteur d'activité.
Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de l'économie et du budget pris après avis du conseil de direction fixe pour chaque conseil spécialisé sa composition et ses modalités de fonctionnement.
Le conseil de direction détermine les missions qui lui sont confiées. Cependant, le ministre chargé de l'agriculture peut en tant que de besoin saisir directement les conseils spécialisés d'affaires particulières.
Les conseils spécialisés peuvent comporter des personnalités qui ne font pas partie du conseil de direction ainsi que des représentants d'organisations professionnelles représentatives ou d'intérêts économiques non représentés au conseil de direction.
Les présidents des conseils spécialisés sont nommés par le ministre chargé de l'agriculture après consultation du conseil spécialisé concerné. S'ils ne sont pas membres du conseil de direction, ils y siègent de droit avec voix consultative.
Chaque conseil spécialisé étudie les projets de décision qui lui sont soumis par le directeur et exprime son avis.