L'agence est soumise au régime financier et comptable défini par les textes généraux applicables aux établissements publics à caractère administratif, notamment les articles 14 à 25 du décret du 10 décembre 1953 susvisé et les articles 151 à 189 du décret du 29 décembre 1962 susvisé.
L'établissement est soumis au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935 susvisé.
Le contrôleur financier exerce ses missions selon des modalités fixées en tant que de besoin par arrêté du ministre chargé des mines et du ministre chargé du budget.