L'Etablissement public d'aménagement universitaire est administré par un conseil d'administration et dirigé par un directeur général.
Le conseil d'administration comprend, outre son président :
1° Onze membres de droit, dont :
a) Six représentants de l'Etat :
- le directeur général de l'enseignement supérieur au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le directeur général de la recherche et de l'innovation au ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le secrétaire général du ministère chargé de l'enseignement supérieur ou son représentant ;
- le directeur du budget au ministère chargé du budget ou son représentant ;
- le directeur général de l'urbanisme, de l'habitat et de la construction au ministère chargé de la construction ou son représentant ;
- un représentant du ministre chargé de la santé ;
b) Trois représentants des établissements d'enseignement supérieur et organismes de recherche :
- le premier vice-président de la conférence des présidents d'université ou son représentant ;
- le premier vice-président de la conférence des directeurs des écoles françaises d'ingénieurs ou son représentant ;
- le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ou son représentant ;
c) Le président de l'Association des régions de France ou son représentant ;
d) Le président de l'Etablissement public du campus de Jussieu ou son représentant ;
2° Quatre personnalités qualifiées désignées, en raison de leurs compétences, par arrêté du ministre chargé de l'enseignement supérieur ;
3° Deux représentants du personnel de l'établissement élus dans les conditions fixées par délibération du conseil d'administration.