Le bureau du budget est chargé, pour les programmes gérés par le secrétariat général, à l'exception du programme géré par la direction de la recherche et de l'animation scientifique et technique :
- d'assurer la préparation du budget ;
- d'élaborer les documents budgétaires, d'assurer le suivi de l'exécution du budget et de développer les outils de gestion et la formation à la pratique budgétaire et à la gestion des crédits ;
- de réaliser les études budgétaires ;
- de recueillir à ce titre les données financières et comptables qui lui sont nécessaires ;

- de procéder aux opérations conduisant à l'engagement comptable des commandes nécessaires au fonctionnement du service du personnel et de l'administration ainsi que des missions rattachées au secrétariat général, puis à la liquidation des dépenses et aux opérations permettant l'ordonnancement direct ;
- de piloter et coordonner les réponses aux questionnaires et aux contrôles de la Cour des comptes.