Lorsque des prescriptions archéologiques ont été formulées ou que le préfet a fait connaître son intention d'en formuler, les autorités qui délivrent les autorisations d'urbanisme et les autres autorisations mentionnées à l'article 1er assortissent lesdites autorisations d'une mention précisant que l'exécution de ces prescriptions est un préalable à la réalisation des travaux.
Lorsque ces travaux ont fait l'objet d'une autorisation et que, après réalisation d'un diagnostic, le préfet de région prescrit la conservation totale ou partielle du site ou la modification du projet, il informe le bénéficiaire que l'opération ne peut être réalisée dans les conditions initialement prévues. Une nouvelle autorisation ne peut alors être accordée qu'après dépôt d'un dossier tenant compte des prescriptions du préfet de région.