L'agence est administrée par un conseil d'administration qui comprend quinze membres :

1° Cinq représentants de l'Etat :

a) Un représentant du ministre chargé du budget ;

b) Un représentant du ministre chargé de l'éducation nationale ;

c) Un représentant du ministre chargé de l'emploi et de la formation professionnelle ;

d) Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ;

e) Un représentant du ministre chargé des transports ;

2° Deux personnalités choisies en raison de leurs compétences, nommées par arrêté du ministre chargé de l'outre-mer ;

3° Un représentant élu issu de chacune des régions de Guadeloupe et de La Réunion, des collectivités de Guyane et de Martinique ainsi que du Département de Mayotte ;

4° Trois représentants élus du personnel.

Le directeur général participe aux séances avec voix consultative.

Le commissaire du Gouvernement, nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget, assiste aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le contrôleur budgétaire ou son représentant, l'agent comptable ainsi que toute personne dont la présence est jugée utile par le président peuvent assister aux séances avec voix consultative.

Les préfets, délégués territoriaux de l'Agence, peuvent assister aux séances du conseil d'administration avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration préside les séances du conseil d'administration et en fixe l'ordre du jour. En cas d'empêchement, le directeur général convoque le conseil d'administration et ce dernier élit un président pour la durée de l'empêchement.

Le mandat des membres du conseil d'administration, à l'exception des représentants de l'Etat, est de trois ans, renouvelable une fois. Le mandat des représentants des collectivités territoriales prend fin de plein droit à l'expiration de leur mandat électif.

Le mandat des membres du conseil d'administration est gratuit. Le remboursement des frais de déplacement et de séjour a lieu dans les conditions prévues par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.

Les membres du conseil d'administration ne peuvent prendre ou conserver aucun intérêt ni occuper aucune fonction dans les entreprises traitant avec l'agence pour des marchés de travaux, de fournitures et de prestations de services ni assurer des prestations pour ces entreprises.

Tout membre du conseil d'administration qui s'estime placé en situation de conflit d'intérêt en informe immédiatement le président et le commissaire du Gouvernement.

Le conseil d'administration se réunit, sur convocation de son président, aussi souvent que la bonne marche de l'établissement l'exige et au minimum trois fois par an.

La convocation du conseil d'administration est de droit si elle est demandée par le représentant d'un des ministères de tutelle ou par au moins huit des membres de ce conseil, sur un ordre du jour déterminé. Ces derniers doivent respecter un délai de deux mois lorsqu'ils entendent introduire une nouvelle demande de réunion du conseil d'administration.

L'ordre du jour et le dossier de séance sont adressés aux membres du conseil au moins quinze jours à l'avance, ramenés à huit jours en cas d'urgence.

Les membres du conseil d'administration peuvent, en cas d'absence ou d'empêchement, donner mandat à un membre appartenant à la même catégorie. Un administrateur ne peut détenir qu'un seul mandat.

Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximum de trois jours.

Les décisions du conseil d'administration sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, la voix du président est prépondérante.

Le règlement intérieur de l'Agence peut prévoir que les membres du conseil participent aux séances par des moyens de visioconférence ou de communication électronique satisfaisant à des caractéristiques techniques garantissant la transmission continue et simultanée des débats et la confidentialité des votes lorsque le scrutin est secret, permettant l'identification des intervenants et assurant la participation effective de ceux-ci à un débat collégial. Les membres qui participent par ces moyens aux séances sont réputés présents dans le calcul du quorum et de la majorité requise.

Il est établi un procès-verbal de chaque séance du conseil d'administration, signé par le président de séance et par un administrateur au moins. Copie du procès-verbal est adressée aux ministères de tutelle, au commissaire du Gouvernement, aux délégués territoriaux, aux membres du conseil, au contrôleur budgétaire et au directeur général de l'Agence.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'établissement, et à ce titre, notamment :

1° Il détermine l'organisation et les règles de fonctionnement de l'Agence ainsi que les missions dévolues aux préfets outre-mer lorsqu'ils ont la qualité de délégué territorial, sous réserve de l'article R. 1803-29 ;

2° Il approuve le contrat d'objectifs et de performance triennal avec l'Etat ;

3° Il détermine les programmes généraux d'activité et d'investissement ainsi que les actions pouvant bénéficier des programmes européens ;

4° Il arrête le budget initial et les budgets rectificatifs ;

5° Il détermine les conditions générales d'emploi et de rémunération ;

6° Il arrête le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;

7° Il autorise la conclusion d'emprunts ;

8° Il approuve le rapport annuel d'activité ;

9° Il autorise les conventions passées avec des collectivités territoriales, avec des groupements de collectivités territoriales, avec des établissements publics et avec des entreprises publiques ou privées ;

10° Il autorise l'octroi d'avances à des organismes ou sociétés contribuant à l'exécution des missions de l'établissement ;

11° Il autorise l'achat, l'échange et la vente d'immeubles, la constitution de nantissements et d'hypothèques et les projets de baux et de locations d'immeubles ;

12° Il autorise les conventions de mise à disposition avec le service chargé des domaines ;

13° Il détermine les conditions générales de passation des contrats, conventions, marchés publics et contrats de concession conclus par l'agence ;

14° Il accepte ou refuse les dons et legs ;

15° Il autorise les actions en justice, ainsi que la négociation et la conclusion de transactions ;

16° Il adopte le règlement intérieur de l'établissement.

Le conseil peut s'entourer de comités spécialisés.

Pour l'exercice des missions prévues aux 14° et 15° ci-dessus, le conseil d'administration peut, par délibération, déléguer ses attributions au directeur général pour certaines catégories d'opérations, en raison de leur nature ou du montant financier engagé. Le directeur général rend compte des décisions prises au conseil d'administration suivant.

Le conseil d'administration est informé des travaux des comités consultatifs mentionnés à l'article R. 1803-29.

Les décisions et délibérations du conseil d'administration, autres que celles mentionnées aux 4°, 6° et 11° de l'article R. 1803-25, sont exécutoires de plein droit dans le délai de quinze jours suivant leur réception par les ministères de tutelle et le commissaire du Gouvernement, ou suivant la réception par ces derniers des informations ou documents complémentaires dont ils ont pu demander la production.

A défaut de la notification par les ministères de tutelle d'une décision de rejet au président du conseil d'administration dans ce délai, la décision ou délibération est exécutoire.

Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les délibérations portant sur les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont approuvées dans les mêmes conditions.

Les délibérations relatives aux emprunts ne sont exécutoires qu'après avoir été approuvées par arrêté du ministre chargé de l'outre-mer et du ministre chargé du budget.

Le directeur général de l'établissement est nommé par décret, sur proposition du ministre chargé de l'outre-mer, pour une période maximale de trois ans, renouvelable une fois. Il dirige l'établissement et veille à la mise en œuvre des délibérations du conseil d'administration et à la coordination de son action avec les autres organismes nationaux et locaux intervenant dans les mêmes domaines d'activité.

Il représente l'établissement dans ses relations avec l'Etat et signe le contrat triennal mentionné à l'article R. 1803-20, après autorisation du conseil d'administration.

Le directeur général est chargé de la mise en œuvre du contrat de performance triennal et, dans ce cadre, de la politique de l'établissement.

Le directeur général est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement.

Il reçoit chaque année une lettre de mission des ministres de tutelle.

Il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'Agence.

Il assure la direction administrative et financière de l'établissement et est notamment chargé de :

1° Préparer les délibérations du conseil d'administration et en assurer l'exécution ;

2° Préparer et exécuter le budget de l'établissement et veiller, en sa qualité d'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement, au respect de l'équilibre financier ;

3° Assurer la direction des services de l'établissement ;

4° Recruter et gérer les personnels de l'Agence placés sous son autorité, selon leurs statuts respectifs ;

5° Représenter l'établissement dans tous les actes de la vie civile et dans ses rapports avec les tiers, notamment pour la passation de tous actes et contrats et tous marchés de travaux, de fournitures ou de services ;

6° Agir en justice, sous réserve des habilitations nécessaires.

Le directeur général est assisté d'un secrétaire général qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

Le directeur général peut déléguer, sous sa responsabilité, sa signature au secrétaire général et aux personnes placées sous son autorité, dans les conditions et limites déterminées par le règlement intérieur prévu à l'article R. 1803-25.

Le commissaire du Gouvernement s'assure que la politique générale de l'établissement arrêtée par le conseil d'administration est conforme aux missions définies à l'article L. 1803-10.

Pour l'exercice de ses missions, il peut :

1° Faire connaître au conseil d'administration la position du Gouvernement sur les questions examinées, formuler les observations qui lui paraissent nécessaires sur la conformité des délibérations du conseil d'administration avec les orientations générales arrêtées par le Gouvernement et en saisir les ministres de tutelle ;

2° Demander l'inscription de toute question à l'ordre du jour d'une réunion du conseil d'administration ;

3° Se faire communiquer tous documents et procéder ou faire procéder sur pièces ou sur place à toutes vérifications qu'il juge utiles.

Pour l'exercice de ses missions, il peut solliciter l'assistance des services du ministre chargé de l'outre-mer et le cas échéant peut faire appel aux services des autres ministres représentés au conseil d'administration.

L'organisation de l'Agence est fixée par délibération de son conseil d'administration, après avoir recueilli l'avis du ministre chargé de l'outre-mer. Elle peut comporter un ou des comités consultatifs chargés d'émettre des avis pour le conseil d'administration et le directeur général sur l'exécution des missions de l'établissement public.