Le port autonome est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique, à l'exception des 1° et 2° de l'article 175, des articles 178 à 185,204 à 208 et 220 à 228.

Il est élaboré un plan comptable commun, applicable à l'ensemble des ports autonomes.

Ce plan comptable détermine notamment :

1° Les règles applicables en matière d'évaluation et de réévaluation des immobilisations ;

2° La nature des immobilisations amortissables qui devront être individualisées au bilan ;

3° Les règles de calcul des amortissements et des provisions ;

4° Les méthodes d'évaluation des stocks ;

5° Les normes d'élaboration de la comptabilité analytique d'exploitation, de manière à assurer la connaissance de prix de revient établis sur les bases homogènes.

Le plan comptable est approuvé par arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances, après avis de l'Autorité des normes comptables.

Le conseil d'administration du port autonome doit présenter chaque année à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé des finances un budget établi suivant un modèle arrêté par ce dernier, comportant deux sections distinctes, l'une pour les dépenses et les recettes d'exploitation, l'autre pour les opérations en capital.
Le budget est divisé en chapitres qui ne doivent comprendre que des dépenses ou des recettes de même nature.
1° La section d'exploitation retrace toutes les charges et tous les produits se rapportant au fonctionnement du port. Y sont inscrits en particulier :
En recettes :
a) Les produits des droits de port ;
b) Les revenus des domaines immobiliers perçus par le port ;
c) Les produits de l'exploitation de l'outillage public directement administré ou affermé par le port ;
d) Les produits des taxes et redevances de toute nature dont la perception aurait été régulièrement autorisée ;
e) La participation de l'Etat aux travaux d'entretien mentionnés à l'article R. 5313-69 ;
f) Les participations des départements, des communes, des chambres de commerce et d'industrie territoriales, des chambres de commerce et d'industrie de région des autres établissements publics ainsi que des personnes privées à certaines dépenses d'exploitation du port ;
g) Toutes autres recettes d'exploitation.
En dépenses : toutes les dépenses concernant l'administration, l'exploitation, l'entretien, l'amortissement des ouvrages et des outillages, les intérêts des emprunts contractés par le port, les provisions et, d'une manière générale, toutes les dépenses de gestion du port.
L'excédent net de chaque exercice, après prélèvement de la part de l'Etat, est versé à un compte de réserve ;
2° La section des opérations en capital comprend en particulier :
En recettes :
a) Le produit des amortissements ;
b) Les versements de l'Etat, en capital ou en annuités, au titre des opérations visées aux articles R. 5313-70, R. 5313-71, R. 5313-73 et R. 5313-74 ;
c) Le produit des aliénations de biens mobiliers ou immobiliers ou d'outillages déclassés ;
d) Les produits des emprunts autorisés ;
e) Les participations des départements, des communes, des chambres de commerce et d'industrie territoriales, ou des chambres de commerce et d'industrie de région, de tout autre établissement public ainsi que des personnes privées à certaines dépenses en capital effectuées par le port ;
f) Toutes autres recettes en capital.
En dépenses : toutes les dépenses de renouvellement, de reconstruction, d'amélioration, d'extension des ouvrages ou des outillages ainsi que les remboursements des capitaux empruntés par le port.

Le budget est établi pour la période de douze mois commençant le 1er janvier.
La section d'exploitation est accompagnée d'une annexe faisant apparaître le programme et le montant des dépenses d'entretien et d'exploitation mises à la charge de l'Etat par l'article R. 5313-69.
Les frais généraux du port autonome dont la détermination est nécessaire pour fixer les participations de l'Etat en application de l'article R. 5313-72 font l'objet d'une justification spéciale annexée au budget.
La section des opérations en capital doit comporter une annexe faisant apparaître la liste, le coût total et l'échéancier des paiements des opérations nouvelles de toute nature dont l'engagement est proposé au titre de l'exercice concerné.
Les opérations en capital peuvent donner lieu à des prévisions d'exécution échelonnées sur plusieurs années.

Le budget est présenté par le directeur au conseil d'administration. Il est soumis à l'approbation du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé du budget avant le 1er décembre de l'année précédant l'ouverture de l'exercice.
Dans le cas prévu au deuxième alinéa, deuxième phrase, de l'article L. 5313-10, la décision de créer d'office les ressources nécessaires pour couvrir la totalité des charges d'exploitation est prise par le ministre chargé des ports maritimes et par le ministre chargé des finances.
Si le budget n'est pas encore approuvé à l'ouverture de l'exercice, le directeur peut néanmoins engager, sauf opposition de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, dans la limite des ressources disponibles à cet effet, les dépenses antérieurement autorisées et ordonner les paiements correspondants. Il peut en outre, dans la double limite des prévisions adoptées par le conseil d'administration et des crédits approuvés au titre de l'année précédente, engager, sauf opposition de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, les dépenses indispensables à la continuité de la gestion.
Les modifications au budget reconnues nécessaires en cours d'exercice sont arrêtées et approuvées dans les mêmes formes que cet état.
En cours d'exercice, un suivi de l'exécution du budget, incluant une analyse par poste des écarts avec la prévision, est communiqué au moins deux fois par an au conseil d'administration.

Sauf convention spéciale avec l'Etat, le port ne peut engager des dépenses donnant lieu à participation de l'Etat que dans la proportion des crédits mis à sa disposition pour l'exercice par le ministre chargé des ports maritimes en ce qui concerne les dépenses mentionnées à l'article R. 5313-69, ou des autorisations de programme accordées par le même ministre pour les opérations mentionnées aux articles R. 5313-70 et R. 5313-71.
Il doit régler la cadence d'exécution des opérations mentionnées ci-dessus en fonction des crédits dont il dispose.
Les mêmes règles sont applicables pour la gestion des services annexes confiée au port en application de l'article R. 5313-78.

Le montant des sommes dues par l'Etat pour le remboursement du service de certains emprunts, en application des articles R. 5313-70 et R. 5313-71, fait l'objet d'une note justificative détaillée annexée au budget.
La date de création du port autonome mentionnée au deuxième alinéa des articles R. 5313-70 et R. 5313-71 est la date à laquelle le régime d'autonomie défini au présent chapitre est substitué au régime précédemment en vigueur.

Les marchés des ports autonomes sont soumis au code de la commande publique, à l'exception de la section 3 du chapitre VI du titre IX du livre Ier de la deuxième partie de ce code pour les marchés ne donnant pas lieu à une participation financière de l'Etat.
Les marchés publics inférieurs au seuil mentionné au 1° de l'article L. 2123-1 du code de la commande publique sont soumis à des règles fixées par le conseil d'administration et approuvées par le ministre chargé des ports maritimes et le ministre chargé des finances.

Le produit des droits de port perçus par le port autonome constitue une recette ordinaire de l'établissement.
Les droits de port dont la perception est autorisée au profit du port sont recouvrés par l'administration des douanes, conformément à l'article 285 du code des douanes. Les frais de perception et de procédure afférents à ces droits sont supportés par le port autonome dans les conditions fixées par arrêté du ministre chargé du budget.
Le produit des droits est versé mensuellement par les soins du service des douanes dans la caisse de l'agent comptable. Si l'importance des recettes l'exige, des versements partiels plus rapprochés peuvent, en outre, être effectués dans l'intervalle des versements mensuels.

Des régies d'avances et des régies de recettes peuvent être instituées par arrêté du ministre chargé des finances et du ministre chargé des ports maritimes.

Les régisseurs sont nommés par le directeur avec l'agrément de l'agent comptable.

Avec l'accord du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget, le directeur peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit, sous sa responsabilité, par certains agents du port autonome désignés après son accord par le directeur. L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le directeur émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.