Le décret portant nomination du directeur du port est pris en conseil des ministres, sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes, après avis du conseil d'administration.

Il ne peut être mis fin aux fonctions du directeur, autrement que sur sa demande, que par un décret délibéré en conseil des ministres, pris sur le rapport du ministre chargé des ports maritimes, après avis ou sur la proposition du conseil d'administration.

Pour exercer la faculté d'option prévue à l'article L. 5313-12, tout membre du personnel ouvrier tributaire du régime de retraite défini par le décret n° 2004-1056 du 5 octobre 2004 relatif au régime des pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat, qui passe au service du port autonome dispose d'un délai de six mois à dater de la publication du décret en Conseil d'Etat créant le port autonome.
Les salaires et indemnités réglementaires des ouvriers tributaires du régime de retraite applicable aux ouvriers des établissements industriels de l'Etat sont remboursés à l'Etat par le port, à titre de fonds de concours. Cette disposition prend effet à dater de l'application du régime nouveau de l'autonomie.

Tout membre du personnel, tributaire du décret n° 2004-1056 du 5 octobre 2004 relatif au régime des pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat, qui opte pour son rattachement au régime du personnel du port autonome est rayé du cadre auquel il appartenait à la date de l'enregistrement de son option.

Les agents mentionnés à l'article R. 5313-24 qui, au moment du changement de leur statut, ont accompli quinze années de services civils et militaires effectifs bénéficient d'une pension en vertu des dispositions du décret n° 2004-1056 du 5 octobre 2004 relatif au régime des pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat.

Les dispositions du décret n° 50-133 du 20 janvier 1950 relatives aux règles de coordination en matière d'assurance vieillesse sont applicables aux agents mentionnés à l'article R. 5313-24.

Les agents mentionnés à l'article R. 5313-24 qui, au moment du changement de leur statut, ont accompli moins de quinze années de services civils et militaires effectifs, sont affiliés au régime de l'institution de retraite complémentaire des agents non titulaires de l'Etat et des collectivités locales (IRCANTEC) pour la période pendant laquelle ils relevaient du régime des pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat.
Le fonds spécial des pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat reverse à l'IRCANTEC la totalité des cotisations correspondantes.

Le personnel des concessions d'outillage public des chambres de commerce et d'industrie ou le personnel du port autonome existant est intégré dans les services du port autonome à la date fixée pour la substitution du nouveau régime au régime précédemment en vigueur.
En vue de cette intégration et dès intervention du décret portant création du port autonome, le directeur du port consulte les chambres de commerce et d'industrie intéressées, concessionnaires d'outillage public, en vue d'établir la liste nominative, par fonction, du personnel visé ci-dessus. Cette liste est communiquée aux représentants des personnels intéressés qui doivent faire connaître leurs observations dans un délai de quinze jours. Le directeur du port transmet la liste définitive, avec son rapport, dans le délai d'un mois au ministre chargé des ports maritimes et au ministre chargé de l'industrie. En cas de contestation concernant l'intégration de certains membres du personnel des chambres de commerce et d'industrie, il est statué par décision conjointe des deux ministres.
Sont notamment applicables au personnel du port autonome à partir de la date fixée au premier alinéa du présent article :
1° La convention collective des personnels des ports autonomes maritimes et des chambres de commerce et d'industrie concessionnaires dans les ports maritimes de commerce et de pêche ; cette convention comporte les textes suivants :
a) La convention collective proprement dite à laquelle sont jointes une annexe n° 1 composée des tableaux de classement des catégories A personnel ouvrier, B agents de maîtrise, D et E personnels administratif et technique, et une annexe n° 2 formant règlement de retraite ;
b) Une annexe n° 3 applicable à la catégorie F cadres et ingénieurs et le tableau de classement afférent à ces agents ;
c) L'annexe formant convention particulière applicable aux ingénieurs et cadres supérieurs et le tableau de classement afférent à ces agents ;
2° Les avenants et accords de salaires intervenus à la suite de cette convention collective ;
3° Pour le port de Marseille, le décret n° 59-809 du 4 juillet 1959 relatif au régime de retraites du personnel titulaire de la chambre de commerce de Marseille ;
4° Pour le port du Havre, le décret n° 62-152 du 18 janvier 1962 relatif au régime de retraites du personnel titulaire de la chambre de commerce et du port autonome du Havre.
Le personnel ouvrier tributaire du régime de retraites défini par le décret n° 2004-1056 du 5 octobre 2004 relatif au régime des pensions des ouvriers des établissements industriels de l'Etat qui aura opté pour la conservation de son statut n'est pas soumis à la convention collective.

L'agent comptable, chef des services de la comptabilité, est nommé par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre chargé des ports maritimes après avis du conseil d'administration.
Sa rémunération est fixée par le ministre de l'économie et des finances après avis du conseil d'administration.
Des comptables secondaires peuvent être nommés dans les mêmes conditions.