Sous réserve des cas d'exploitation en régie prévus à l'article L. 5312-4, les terminaux du port sont exploités par des opérateurs, avec lesquels le grand port maritime passe des conventions de terminal, dans les conditions prévues à l'article R. 5312-84.

Sans préjudice des dispositions des articles 7, 8 et 9 de la loi n° 2008-660 du 4 juillet 2008 portant réforme portuaire, les conventions de terminal sont conclues à l'issue d'une procédure ouverte, transparente et non discriminatoire.
Ces conventions qui valent autorisation d'occuper le domaine public sont passées avec le ou les opérateurs retenus. Elles portent sur l'exploitation et, le cas échéant, la réalisation d'un terminal comprenant les outillages et les aménagements nécessaires aux opérations de débarquement, d'embarquement, de manutention et de stockage liés aux navires. Elles peuvent aussi comprendre la réalisation de quais ou d'appontements pour ce terminal. Elles peuvent prévoir des objectifs de développement du trafic et des sanctions, pouvant aller jusqu'à la résiliation sans indemnité de la convention, dans le cas où ces objectifs ne seraient pas atteints. Des indicateurs de suivi permettent de définir si les objectifs fixés sont atteints.

L'attribution des conventions de terminal ne doit pas avoir pour effet d'altérer les conditions de la concurrence. Celle-ci est analysée en fonction du marché pertinent pour chaque type de trafic.

Un arrêté des ministres chargés des ports maritimes et de l'économie précise les points qui doivent figurer dans la convention de terminal.

Les dispositions de l'article R. 5313-69 relatives aux travaux à la charge de l'Etat sont applicables aux grands ports maritimes.
Pour les travaux devant être effectués dans le cadre des missions définies à l'article L. 5312-2 sans le concours financier de l'Etat et n'entraînant pas de modification essentielle dans les accès ou ouvrages du port, le grand port maritime statue définitivement.

Les dispositions de l'article R. 5313-73 relatives au programme annuel des dépenses de travaux sont applicables aux grands ports maritimes.

Un grand port maritime ne peut réaliser un projet d'investissement à la demande de l'Etat, d'une collectivité territoriale, d'un groupement de collectivités territoriales ou d'un organisme public local ou national, que si ce projet fait l'objet de la part des demandeurs d'un concours financier propre à éviter toute conséquence négative sur les comptes du port pendant la période d'amortissement de cet investissement.

Le directoire établit, tous les trois ans, le cas échéant en concertation avec d'autres ports de la même façade maritime, un plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison permettant de répondre aux besoins des navires utilisant le port.
Un arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé de l'environnement définit le contenu et les modalités d'élaboration de ce plan, qui comportent notamment le recensement des besoins et des installations utilisables, les procédures de réception et le système de tarification.
Le plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison est approuvé par le préfet du département dans lequel se situent les installations principales du port.
En cas de modification significative des conditions d'exploitation du port ayant des répercussions sur les besoins en installations portuaires de réception des déchets d'exploitation et des résidus de cargaison, le plan est mis à jour et approuvé dans les mêmes conditions que le plan initial.
Lorsqu'un grand port maritime est substitué à un port relevant de l'Etat, le plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison reste en vigueur jusqu'à la date prévue de sa révision.

Les dispositions des articles R. 5313-75 et R. 5313-76 relatives au matériel de dragage sont applicables aux grands ports maritimes.

Le grand port maritime peut être chargé, à la demande du directoire, de la gestion de services publics liés à l'accueil des navires, à l'intérieur des limites administratives du port fixées en application de l'article R. 5311-1 ou pour l'accès à celui-ci.
Des arrêtés conjoints du ministre chargé des ports maritimes et des ministres intéressés fixent les conditions de la remise de ces services au grand port maritime ainsi que les règles de leur fonctionnement.

Le ministre chargé des ports maritimes peut, après avis du conseil de surveillance, confier par arrêté au grand port maritime, au titre de services annexes, la gestion d'un service maritime ou d'un service de navigation dont il définit la consistance.
Dans l'exercice de cette activité, le président du directoire relève directement de l'autorité du ministre chargé des ports maritimes et le personnel du grand port maritime agit pour le compte de l'Etat.

Lorsque, dans le cadre fixé par l'article L. 5312-4, le grand port maritime exploite en régie des outillages, le projet de fixation ou de modification des tarifs et des conditions d'usage des outillages gérés par le grand port maritime fait l'objet d'un affichage pendant quinze jours dans les lieux du port principalement fréquentés par les usagers, ou d'une information diffusée par voie électronique et accessible aux usagers du port. Il est transmis au conseil de développement.
Les tarifs sont fixés par le directoire.