Le décret en Conseil d'Etat créant un grand port maritime ou fluvio-maritime est pris sur le rapport des ministres chargés des ports maritimes et de l'économie.
Il précise la dénomination et le siège du grand port maritime ou fluvio-maritime. Dans un grand port fluvio-maritime, il peut instituer des directions territoriales placées sous la responsabilité d'un directeur général délégué. Cette organisation territoriale peut être modifiée par arrêté du ministre chargé des transports.
Pour les grands ports maritimes substitués à des ports maritimes relevant de l'Etat, ainsi que, pour les grands ports fluvio-maritimes, à des ports maritimes et à des ports fluviaux, le décret fixe, le cas échéant, la date d'entrée en vigueur du nouveau régime.
Les grands ports maritimes ou fluvio-maritimes sont placés sous la tutelle du ministre chargé des ports maritimes et soumis au contrôle général économique et financier.

Les dispositions régissant les grands ports maritimes sont applicables aux grands ports fluvio-maritimes, sous réserve des dispositions particulières destinées à prendre en compte leurs spécificités.

Sous réserve des dispositions de l'article L. 5312-5, la circonscription du grand port maritime est délimitée par un arrêté du préfet de la région dans laquelle se trouve le siège du port, après avis du préfet maritime.
Lorsque la circonscription est susceptible de s'étendre sur plusieurs régions, le Premier ministre désigne le préfet chargé de sa délimitation dans les conditions prévues par l'article 66 du décret n° 2004-374 du 29 avril 2004 relatif aux pouvoirs des préfets, à l'organisation et à l'action des services de l'Etat dans les régions et départements.
Pour la première délimitation de la circonscription, le préfet de région compétent établit un dossier comprenant :
1° Une notice indiquant et justifiant les limites de circonscription proposées ;
2° S'il y a lieu, la date à laquelle le régime défini par le présent chapitre sera substitué au régime précédemment en vigueur ;
3° La liste des collectivités publiques et de leurs groupements compétents en matière d'aménagement, ainsi que des établissements publics territorialement intéressés ;
4° Dans le cas où la circonscription englobe d'autres ports, la liste des conseils portuaires qui doivent être consultés ;
5° Un plan indiquant le projet de périmètre de la circonscription tant du côté de la mer que du côté des terres.

La durée de la consultation des collectivités et organismes mentionnés aux 3° et 4° de l'article R. 5312-2 est de deux mois. En l'absence de réponse au terme de ce délai, l'avis est réputé émis.

La modification de la circonscription d'un grand port maritime intervient à la demande du directoire du port après avis conforme du conseil de surveillance.
La demande de modification est instruite selon les modalités suivantes :
1° Le directoire du grand port maritime constitue un dossier comprenant les pièces prévues à l'article R. 5312-2 ;
2° Il soumet ce dossier à l'approbation du préfet de région compétent qui l'invite à procéder, selon les modalités prévues à l'article R. 5312-3, aux consultations :
a) Du conseil de développement du grand port maritime ;
b) Des collectivités et organismes mentionnés aux 3° et 4° de l'article R. 5312-2 ;
3° Dans un délai de quinze jours suivant l'accomplissement des consultations prévues au 2°, le directoire adresse au préfet de région le dossier, assorti des avis émis ou, à défaut, des justificatifs des consultations, et le rapport d'instruction.

Lorsque la modification porte sur la circonscription du grand port fluvio-maritime, le préfet de région est celui de la région où le grand port fluvio-maritime a son siège et la consultation du conseil d'orientation est substituée à celle du conseil de développement. La procédure prévue par le présent article s'applique à la modification des limites des secteurs maritimes et fluviaux, au sens de l'article L. 5312-5, de la circonscription du grand port fluvio-maritime, en fonction de la limite de navigation maritime.

L'Etat remet gratuitement aux grands ports maritimes substitués à un ou plusieurs ports maritimes non autonomes relevant de l'Etat, à la date fixée pour l'entrée en vigueur du nouveau régime :
1° La propriété des terrains et surfaces d'eau, concédés ou non, appartenant au domaine public, compris dans la circonscription du grand port maritime et des bâtiments et ouvrages maritimes dépendant du domaine public qui existent sur ces terrains et surfaces d'eau, à l'exclusion de ceux appartenant au domaine public maritime naturel ou au domaine public fluvial naturel ;
2° L'administration et la jouissance des terrains et surfaces d'eau appartenant au domaine public maritime naturel et au domaine public fluvial naturel compris dans la circonscription du grand port maritime, à l'exception des terrains déjà attribués ou affectés au Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres ;
3° La propriété des terrains appartenant au domaine privé de l'Etat, affectés au service chargé de la gestion des ports maritimes de l'Etat et compris dans la circonscription du grand port maritime, ainsi que des ouvrages, bâtiments et matériels ayant le caractère d'immeubles par destination ou d'accessoires réputés immeubles, dépendant du service susmentionné et nécessaires à l'entretien, à l'exploitation et aux travaux ;
4° La propriété des autres matériels, mobiliers et approvisionnements du même service et utilisés aux mêmes fins.
Sont toutefois exclus de ces remises les terrains, bâtiments, mobiliers, matériels et approvisionnements du service des phares et balises.
Les remises sont faites en l'état.

En application de l'article L. 5312-16, la remise en propriété au grand port maritime de l'actif et du passif des établissements publics délégataires au titre du compte de la concession a lieu à la date d'entrée en vigueur du nouveau régime. Les éléments d'actif comportent notamment les fonds libres, les dépôts, les valeurs en portefeuille, les participations et les créances de toute nature.

Lorsqu'un grand port maritime est substitué à un port autonome, il reçoit gratuitement :
1° La propriété de tous les éléments d'actif du port autonome, notamment les terrains, surfaces d'eau, ouvrages, bâtiments, outillages, mobiliers, matériels, approvisionnements et participations ;
2° L'administration et la jouissance de l'ensemble des terrains et surfaces d'eau dépendant du domaine public maritime naturel et du domaine public fluvial naturel de l'Etat à l'intérieur de sa circonscription, à l'exception des terrains déjà attribués ou affectés au Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres.

Lors de chacune des remises prévues aux articles R. 5312-5 à R. 5312-7, il est dressé contradictoirement un inventaire descriptif des terrains, ouvrages, bâtiments, ainsi que du matériel compris dans la remise. Pour les remises effectuées par l'Etat, cet inventaire est divisé en deux parties relatives respectivement au domaine public et au domaine privé.
Il est également dressé contradictoirement un état des éléments d'actif autres que ceux visés à l'alinéa précédent et détenus par les établissements publics délégataires au titre du compte de la concession. Ces éléments d'actif comportent notamment les fonds libres, les dépôts, les valeurs en portefeuille, les participations et les créances de toute nature. L'inventaire prévu au premier alinéa porte alors également sur les droits et obligations attachés aux biens remis et aux activités transférées.