Sous réserve des modalités particulières de la présente section, l'établissement public est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Un règlement financier définit les modalités pratiques des dispositions financières et comptables applicables à l'établissement.

Le compte financier de l'établissement comprend les comptes sociaux et les comptes consolidés. Ils sont préparés par l'agent comptable.

Ils sont, après adoption par le conseil d'administration, transmis avec leurs annexes au ministre chargé des transports et au ministre chargé du budget pour approbation.

Après approbation, selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé du budget, l'agent comptable produit le compte financier et les pièces annexes.

L'agent comptable principal, chef des services de la comptabilité, peut, sous sa responsabilité et avec l'agrément du directeur général de l'établissement, déléguer sa signature à un ou plusieurs de ses agents, qu'il constitue ses fondés de pouvoirs par une procuration régulière.

Des comptables secondaires peuvent être désignés sur proposition du directeur général, avec l'agrément de l'agent comptable, par arrêté conjoint des ministres chargés du budget et des transports.

Les comptables secondaires relèvent de l'autorité de l'agent comptable principal.

L'inventaire des biens meubles et immeubles et la situation des disponibilités sont dressés, à la fin de chaque exercice comptable, par les soins de l'agent comptable ou sous son contrôle.
L'agent comptable établit ou fait établir l'inventaire des biens immeubles privés acquis au titre de la gestion du domaine confié à l'établissement ainsi que des biens meubles et immeubles confiés par l'Etat en vue de pourvoir aux missions d'administration du domaine public fluvial qui lui est confié.

La garde et le maniement des fonds et valeurs de Voies navigables de France incombent à l'agent comptable qui assure la gestion de la trésorerie et du portefeuille sous l'autorité du conseil d'administration et du directeur.
Les fonds disponibles sont déposés au Trésor public.
Un compte peut également être ouvert à la Banque de France, au nom de l'agent comptable, pour permettre l'exécution des opérations en devises.
Les comptes de disponibilités fonctionnent sous la seule signature de l'agent comptable.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le directeur général peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses.
Ces dépenses sont payées, soit directement par l'agent comptable, soit sous sa responsabilité, par certains agents de Voies navigables de France désignés, avec son accord, par le directeur général.
L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le directeur général émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.

Dans ses relations avec ses usagers et les occupants du domaine public fluvial, Voies navigables de France peut recourir à la facturation.

Des régies d'avances ou des régies de recettes peuvent être instituées par le directeur général après avis de l'agent comptable, dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Des avances peuvent être consenties, dans les conditions fixées par le conseil d'administration avec l'accord du contrôleur budgétaire, aux personnels de Voies navigables de France ainsi qu'aux personnes, sociétés ou organismes mandatés par l'établissement pour opérer pour son compte, aux entrepreneurs et aux fournisseurs.
Le mode de justification de ces avances est déterminé par le règlement financier.

Un règlement adopté par le conseil d'administration sur proposition du directeur général fixe les modalités de constitution et de fonctionnement d'une commission consultative des marchés.
Le règlement est soumis à l'approbation du ministre chargé des transports et du ministre chargé du budget. L'approbation est réputée acquise, à défaut d'opposition de leur part, dans un délai de deux mois à compter de la date de leur saisine.

Sur le domaine qui lui est confié et pour l'exercice de ses missions, Voies navigables de France est substitué de plein droit à l'Etat dans les droits et obligations de celui-ci, tels qu'ils résultent des conventions, contrats et concessions qu'il a conclus avec des tiers antérieurement à la création de l'établissement public.

Voies navigables de France exerce sur le domaine public qui lui est confié par l'Etat et pour la réalisation des missions définies aux articles L. 4311-1 et L. 4311-2 les pouvoirs d'administration et de gestion.

A ce titre, il lui appartient notamment, dans le respect des principes de la domanialité publique et sous réserve de l'application des dispositions législatives mentionnées à l'article R. 4311-5, d'autoriser toute occupation et autre utilisation du domaine public fluvial. Il a le pouvoir de délivrer, dans les conditions prévues à l'article R. 2122-15 du code général de la propriété des personnes publiques, les titres d'occupation du domaine public de l'Etat en application des articles L. 2122-5 à L. 2122-19 du même code, à l'exception de l'article L. 2122-15.

Il peut procéder à tous travaux sur le domaine qui lui est confié, sous réserve des dispositions de l'article R. 4311-3.

Les dossiers de demande d'obtention ou de modification d'une autorisation d'occupation ou d'utilisation domaniale déposés auprès de Voies navigables de France ou de tout autre gestionnaire ou concessionnaire du domaine public confié à Voies navigables de France en vue de la prise ou du rejet d'eau comportent la notice technique des ouvrages envisagés ou, à défaut, tout élément de description technique de l'ouvrage nécessaire au calcul du volume prélevable ou rejetable et des rejets de matière en suspension.

Tout contrat de concession d'outillage public, d'installation portuaire de plaisance ou autorisation d'outillage privé avec obligation de service public délivrée dans les conditions prévues au deuxième alinéa de l'article R. 4313-14 donne lieu à une convention avec cahier des charges passée par Voies navigables de France avec le demandeur.

Voies navigables de France est l'autorité gestionnaire, au sens de l'article R. 4400-1, du domaine public fluvial qui lui est confié par l'Etat.

Les règles de circulation sur le domaine public et de sécurité de la navigation demeurent fixées par l'Etat.
L'Etat demeure responsable sur le domaine confié à Voies navigables de France des polices de la navigation, des eaux, des installations classées, de l'hydroélectricité, de la pêche, de la chasse et des mines et carrières.

Voies navigables de France procède aux acquisitions et prises à bail des biens immobiliers, après avoir consulté le directeur départemental ou, le cas échéant, régional des finances publiques, dans les conditions prévues par les articles R. 1211-1 à R. 1211-6 et R. 4111-1 à R. 4111-5 du code général de la propriété des personnes publiques.

Les biens immobiliers acquis à l'amiable ou par voie d'expropriation par l'établissement public, en vue d'intégrer le domaine public fluvial, sont acquis au nom de l'Etat et réputés être immédiatement confiés par celui-ci à l'établissement public.

Voies navigables de France communique aux ministres chargés des transports et du domaine, avant le 1er mars de chaque année, l'état des biens immobiliers acquis l'année précédente.

Les biens immobiliers acquis à l'amiable par l'établissement public en vue d'intégrer son domaine privé sont acquis en pleine propriété par l'établissement.

Les immeubles confiés à l'établissement public ne peuvent faire l'objet d'un déclassement, d'un changement d'affectation, d'un transfert de gestion ou d'une aliénation que dans les conditions et suivant les procédures applicables aux biens de l'Etat.