Le président de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires et les six autres membres sont nommés par décret.
En cas de vacance de la présidence de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires pour quelque cause que ce soit ou en cas d'empêchement constaté par le collège, les fonctions du président sont provisoirement exercées par le doyen d'âge du collège.
Le président a qualité pour agir en justice au nom de l'autorité.
Pour la constitution du collège, le président est nommé pour six ans.
A l'exception du président, les membres du collège sont renouvelés par tiers tous les deux ans.

Le président de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires exerce cette fonction à plein temps. Sa fonction est incompatible avec toute activité professionnelle, tout mandat électif départemental, régional, national ou européen, avec tout emploi public et toute détention, directe ou indirecte, d'intérêts dans une entreprise du secteur du transport ferroviaire.

Le président de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires prend les mesures appropriées pour assurer le respect des obligations définies à l'article L. 2132-8.

Trois des membres autres que le président sont désignés respectivement par le président de l'Assemblée nationale, le président du Sénat et le président du Conseil économique, social et environnemental.
La durée du mandat des membres désignés par les présidents des assemblées parlementaires et du Conseil économique, social et environnemental est fixée, par tirage au sort, à deux, quatre et six ans. La durée du mandat des trois autres membres est fixée par tirage au sort à deux, quatre et six ans.
En cas de vacance d'un siège de membre du collège, il est procédé à son remplacement pour la durée du mandat restant à courir. Un mandat exercé pendant moins de deux ans n'est pas pris en compte pour l'application de la règle de non-renouvellement.

Les fonctions des autres membres du collège sont incompatibles avec tout mandat électif départemental, régional, national ou européen et toute détention, directe ou indirecte, d'intérêts dans une entreprise du secteur du transport ferroviaire.
Les membres du collège ne prennent, à titre personnel, aucune position publique sur des sujets relevant de la compétence de l'autorité.
Sans préjudice de la possibilité, pour tout membre du collège, de se déporter dans toute affaire dans laquelle il l'estimerait nécessaire, aucun membre ne peut délibérer dans une affaire dans laquelle il a ou a eu un intérêt au cours des trois années précédant la délibération ; cette interdiction s'applique également lorsque, au cours de la même période, un membre a détenu un mandat ou exercé des fonctions de direction, de conseil ou de contrôle au sein d'une personne morale ayant eu intérêt à cette affaire.
Les membres du collège ne sont pas révocables, sous réserve des dispositions suivantes :
1° Tout membre qui ne respecte pas les règles d'incompatibilité prévues au présent article est déclaré, après consultation du collège, démissionnaire d'office par décret ;
2° Il peut être mis fin aux fonctions d'un membre en cas d'empêchement constaté par le collège, dans les conditions prévues par le règlement intérieur de l'autorité ;
3° Il peut également être mis fin aux fonctions d'un membre en cas de manquement grave à ses obligations, par décret pris sur proposition du collège.

Le collège ne peut délibérer que si quatre au moins de ses membres sont présents. Les avis, décisions et recommandations sont pris à la majorité des membres présents. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

L'Autorité de régulation des activités ferroviaires dispose de services qui sont placés sous l'Autorité de son président.
L'Autorité de régulation des activités ferroviaires peut employer des magistrats et des fonctionnaires. Elle peut recruter des agents contractuels.
Les ministres chargés des transports et du budget arrêtent la rémunération du président de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires et le montant des vacations versées aux autres membres du collège ainsi que leurs modalités d'évolution pour la durée de leur mandat.
Dans les conditions et limites fixées par le collège, le secrétaire général, nommé par le président, recrute les agents et peut conclure des contrats, conventions et marchés. Il a qualité pour agir en justice pour les affaires relevant du fonctionnement de l'autorité.
Il peut déléguer ses pouvoirs à tout agent de l'autorité dans des matières et des limites déterminées par le collège.

Les membres et agents de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires exercent leurs fonctions en toute impartialité, sans recevoir d'instruction du Gouvernement ni d'aucune institution, personne, entreprise ou organisme.
Les membres et agents de l'autorité sont tenus au secret professionnel pour les faits, actes et renseignements dont ils ont pu avoir connaissance en raison de leurs fonctions.
Le non-respect du secret professionnel établi par une décision de justice entraîne la cessation d'office des fonctions au sein de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires.
L'obligation de secret professionnel ne fait pas obstacle à la communication par l'autorité des informations ou documents qu'elle détient à la Commission européenne ou à une autorité d'un autre Etat membre de l'Union européenne ou à une autorité d'un Etat appliquant des règles équivalentes à celles de l'Union européenne en vertu d'accords conclus avec elle et exerçant des compétences analogues à celles de l'autorité, sous réserve de réciprocité et à condition que ses membres et ses agents soient astreints aux mêmes obligations de secret professionnel que celles définies au présent article.

L'Autorité de régulation des activités ferroviaires dispose de l'autonomie financière.
Elle perçoit le produit du droit fixe établi à l'article L. 2132-13. La loi du 10 août 1922 relative à l'organisation du contrôle des dépenses engagées ne lui est pas applicable.
L'autorité perçoit, le cas échéant, des rémunérations pour services rendus.
Le président de l'autorité est ordonnateur des recettes et des dépenses.
L'autorité est soumise au contrôle de la Cour des comptes.

Il est institué, à compter du 1er janvier 2009, un droit fixe dû par les entreprises ferroviaires qui utilisent le réseau ferroviaire au sens de l'article L. 2122-1. Le montant de ce droit est fixé par les ministres chargés des transports et du budget sur proposition de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires.
Ce droit comprend, selon le cas :
1° Une part du montant des redevances d'utilisation du réseau ferré national versées à Réseau ferré de France dans la limite de cinq millièmes de ce montant ;
2° Une somme proportionnelle au nombre de kilomètres parcourus sur les autres lignes du réseau ferroviaire, dans la limite de 0,10 € par kilomètre parcouru.
Ce droit est déclaré et acquitté par les personnes précitées, dans les mêmes conditions que celles prévues pour le droit de sécurité institué par l'article L. 2221-6, auprès du comptable public de l'Autorité de régulation des activités ferroviaires.
Ce droit est constaté et recouvré dans les mêmes délais et sous les mêmes garanties et sanctions que ceux applicables en matière de taxes sur le chiffre d'affaires.

Le produit de ce droit est affecté à l'Autorité de régulation des activités ferroviaires dans la limite du plafond prévu au I de l'article 46 de la loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011 de finances pour 2012.