L'agence est soumise aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le budget comprend notamment :

1° En recettes :

a) Les versements de l'Etat, de l'Union européenne ou de tout autre personne morale chargée d'une mission de service public destinés au financement des coûts de fonctionnement et d'investissement de l'agence ;

b) Les versements de l'Etat, de l'Union européenne ou de tout autre donneur d'ordre destinés à des dépenses d'intervention et de transfert autres que celles gérées en compte de tiers ;

c) Les remboursements d'avances et de prêts autres que ceux gérés en compte de tiers ;

d) Le produit des taxes fiscales affectées ;

e) Les contributions des organisations professionnelles et organismes du secteur intéressé ;

f) Le produit du placement des fonds disponibles ;

g) Les dons et legs ;

h) Le produit des actions de formation ;

i) Les revenus procurés par les participations financières ;

j) Le produit des cessions ;

k) Le produit des redevances pour services rendus ;

l) Le produit des ventes, travaux et prestations ;

m) Des recettes diverses.

2° En dépenses :

a) Les dépenses de personnel ;

b) Les dépenses de fonctionnement ;

c) Les dépenses d'investissement ;

d) Les dépenses d'intervention autres que celles gérées en compte de tiers.

Le président-directeur général prépare chaque année, pour la période de douze mois commençant le 1er janvier de l'année suivante, un budget retraçant les dépenses et les recettes nationales et communautaires.

Le budget est présenté en deux parties (I et II).

La partie I correspond aux moyens de l'agence et comporte en dépenses trois enveloppes correspondant respectivement aux a, b, et c du 2° de l'article D. 313-27. Elle comporte en recettes les prévisions concernant les recettes autres que celles mentionnées aux b et c et, le cas échéant, une partie des recettes mentionnées au d du 1° du même article.

La partie II correspond aux crédits de transfert et d'intervention et comporte en dépenses celles mentionnées au d du 2° de l'article D. 313-27. Elle comporte en recettes les prévisions concernant les recettes mentionnées aux b et c et, le cas échéant, une partie des recettes mentionnées au d du 1° du même article. Elle se décompose, en tant que de besoin, en enveloppes dévolues aux différents dispositifs financés, dans des conditions déterminées en accord avec les mandants concernés.

En ce qui concerne les dépenses de transfert et d'intervention financées sur des subventions spécifiques du budget de l'Etat, les enveloppes correspondent aux programmes budgétaires déterminés en application de l'article 7 de la loi organique n° 2001-692 du 1er août 2001 relative aux lois de finances.

L'enveloppe correspondant au c du 2° de l'article D. 313-27 est présentée avec l'indication de la limite assignée aux engagements pouvant être contractés.

Les enveloppes relatives aux dépenses de transfert et d'intervention financées sur crédits nationaux sont également présentées avec l'indication de la limite assignée aux engagements pouvant être contractés sauf demande contraire d'un mandant, pour les dispositifs qui le concernent.

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Le budget de l'année est soumis au vote du conseil d'administration avant le 25 novembre de l'année précédente.

Dans le cas où le budget n'est pas arrêté par le conseil d'administration avant le début de l'année, les opérations de recettes et de dépenses sont effectuées sur la base des prévisions de l'exercice précédent.

Toutefois, en cas de nécessité et après accord du contrôleur budgétaire, ces opérations peuvent être effectuées dans la limite du projet non encore approuvé, si elles résultent de l'application des mesures arrêtées pour le budget de l'Etat au titre des subventions allouées par celui-ci et qui en a confié la gestion à l'agence, ou concernent des crédits communautaires ou d'autres partenaires.

Les dépenses de personnel, de fonctionnement et d'investissement sont effectuées, jusqu'à l'approbation de l'état prévisionnel des recettes et des dépenses, par le président-directeur général après accord de l'autorité chargée du contrôle économique et financier, sur la base du dernier budget approuvé pour l'exercice précédent, déduction faite, le cas échéant, des crédits qui avaient été affectés à des dépenses non renouvelables.

Le président-directeur général peut procéder, entre deux décisions modificatives, à l'inscription de crédits d'intervention ou de transfert, à la demande expresse des ministres chargés de l'agriculture, de l'emploi et du budget ou lorsque cette inscription est rendue nécessaire en raison des dispositifs dont l'agence assure la gestion pour le compte d'autres partenaires que l'Etat.

Les modifications ainsi apportées au budget de l'année sont soumises ultérieurement au vote de l'organe délibérant au cours de la première réunion qui suit leur mise en œuvre.

Les limites assignées aux engagements inscrites au budget primitif peuvent être abondées du montant des engagements autorisés l'année précédente et non contractés au dernier jour de l'exercice. Cet abondement intervient par décision du président-directeur général après visa du contrôleur budgétaire et avec l'autorisation expresse du ministre concerné. Il fait l'objet d'une inscription au budget de l'agence dès la première décision modificative.

Un état des reports et des engagements n'ayant pas donné lieu à ordonnancement avant la fin de l'exercice est établi par le président-directeur général, qui le communique aux ministres de tutelle dans le mois suivant la fin de l'exercice après visa du contrôleur budgétaire.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président-directeur général après avis de l'agent comptable principal.

L'agence applique le plan comptable approuvé par le ministre chargé du budget après avis des ministres de tutelle et de l'autorité chargée des normes comptables des personnes publiques.

Des comptabilités distinctes sont ouvertes en tant que de besoin, notamment pour les opérations communautaires.

Le compte financier est préparé par l'agent comptable suivant les dispositions du plan comptable et conformément aux directives de l'ordonnateur. Il retrace l'ensemble des opérations, tant nationales qu'européennes, enregistrées dans la comptabilité de l'agence.

L'agence peut, avec l'autorisation des ministres chargés du budget, de l'économie et, selon le cas, du ministre chargé de l'agriculture ou du ministre chargé de l'emploi, recourir à l'emprunt ou à des lignes de trésorerie.

En fin d'exercice, les montants recouvrés par l'établissement en application du règlement (UE) n° 1306/2013 relatif au financement, à la gestion et au suivi de la politique agricole commune et qui ont fait l'objet d'une décision de refus d'apurement de la Commission européenne sont reversés au budget de l'Etat. Les autres montants qui sont conservés par l'Etat membre en vertu de la réglementation européenne, y compris les prélèvements forfaitaires au titre des frais de recouvrement des irrégularités et des pénalités en matière de conditionnalité, sont, sauf disposition nationale contraire, conservés par l'établissement.

Le ministre chargé du budget fixe par arrêté les conditions dans lesquelles l'agent comptable peut exercer par sondages le contrôle des dépenses d'intervention.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.