Le ministre de l'agriculture et le ministre chargé des finances nomment chacun pour siéger auprès d'une société un commissaire du Gouvernement et, le cas échéant, un ou plusieurs commissaires adjoints.

Les commissaires du Gouvernement représentent le Gouvernement auprès de la société. Ils exercent un contrôle sur le fonctionnement de la société et sur les conditions dans lesquelles elle exerce ses missions. Ils informent les ministres chargés de l'agriculture et des finances des résultats de ce contrôle. Ils peuvent diligenter des audits de ces sociétés. Ils assistent aux assemblées générales de toute nature et aux réunions du conseil d'administration ; ils y sont convoqués et en reçoivent les ordres du jour ; les procès-verbaux des assemblées générales et des délibérations du conseil d'administration et les décisions prises par délégation de celui-ci leur sont communiqués. Chacun des commissaires du Gouvernement peut, dans les huit jours de cette communication, demander une nouvelle délibération ou un nouvel examen de la décision prise. Les commissaires du Gouvernement se prononcent dans les conditions prévues aux articles R. 141-10, R. 141-11 et R. 142-1 sur les différents projets de la société.

La société soumet aux commissaires du Gouvernement les conventions qu'elle a conclues conformément aux dispositions du deuxième alinéa de l'article L. 141-2, des articles L. 143-7-1 et R. 143-19 et des articles R. 123-30 à R. 123-38. Dans le délai de deux mois après la réception de cette communication, les décisions des commissaires du Gouvernement sont réputées favorables. Le refus doit être motivé. Ces dispositions ne sont pas applicables aux opérations mentionnées aux 1°, 4° et 5° du I de l'article R. 141-2 pour lesquelles les sociétés d'aménagement foncier et d'établissement rural peuvent apporter leur concours technique aux collectivités territoriales et aux établissements publics qui leur sont rattachés.

Les commissaires du Gouvernement peuvent procéder à toutes investigations, se faire communiquer tous documents émanant de la société ou reçus par elle et faire toutes observations utiles à ses dirigeants.

Les oppositions ou refus d'approbation des commissaires du Gouvernement sont susceptibles d'être annulés ou réformés par décision du ministre de l'agriculture et du ministre chargé des finances dans le délai de vingt jours suivant la réclamation de la société d'aménagement foncier et d'établissement rural, qui doit elle-même être introduite dans le délai de cinq jours à compter de la réception par la société des oppositions ou refus susmentionnés.

Si aucune décision n'est prise par les ministres dans le délai de vingt jours, la réclamation de la société d'aménagement foncier et d'établissement rural est réputée rejetée.

La société tient informés les commissaires du Gouvernement des acquisitions auxquelles elle a procédé et des adjudications auxquelles elle veut prendre part.

Les acquisitions d'un montant supérieur à celui fixé par un arrêté concerté du ministre de l'agriculture et du ministre chargé des finances doivent être soumises à l'approbation préalable des commissaires du Gouvernement : ceux-ci peuvent en outre à tout moment décider que certaines acquisitions, inférieures au montant déterminé par cet arrêté, doivent être également soumises à leur approbation.

Le refus d'approbation des commissaires du Gouvernement doit être motivé et intervenir au plus tard dans un délai d'un mois à compter du jour où l'acquisition projetée leur a été soumise, faute de quoi la société peut procéder à cette acquisition. Cependant, en cas d'offre d'achat par la société d'aménagement foncier et d'établissement rural à ses propres conditions conformément aux dispositions de l'article L. 143-10, l'accord de chacun des commissaires du Gouvernement doit être exprès. Lorsqu'il s'agit d'une adjudication, le délai maximal imparti aux commissaires du Gouvernement pour se prononcer est fixé à quinze jours.

Les projets d'attribution par cession ou par substitution ou de louage par entremise ou concernant des baux mentionnés à l'article L. 142-4 ou au troisième alinéa de l'article L. 142-6 sont soumis, avec l'avis du comité technique départemental, aux commissaires du Gouvernement en vue de leur approbation. Leur refus d'approbation doit être motivé et intervenir, au plus tard, dans un délai d'un mois à compter de la date de réception du projet. Passé ce délai, le projet est considéré comme approuvé.