L'Etablissement public du palais de la Découverte et de la Cité des sciences et de l'industrie est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Des régies d'avances et de recettes peuvent être créées auprès de l'établissement par décision du président, avec l'accord de l'agent comptable et du contrôleur budgétaire, dans les conditions prévues par le décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.

Les ressources de l'établissement comprennent :
1° Le produit des droits d'entrée perçus à l'occasion d'expositions permanentes ou temporaires et de manifestations éducatives, scientifiques, artistiques ou culturelles ;
2° Les subventions, avances, fonds de concours et autres contributions attribuées par l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics ou toute autre personne publique ou privée ;
3° Les redevances pour services rendus ;
4° Le produit des opérations commerciales ;
5° Le produit des concessions et des redevances dues à raison des autorisations d'occupation temporaire des immeubles appartenant à l'Etat et mis à la disposition de l'établissement public ;
6° La rémunération des prestations ;
7° Les dons et legs ;
8° Le revenu des biens meubles et immeubles ;
9° Les emprunts dont le terme est inférieur à douze mois ;
10° Les recettes de mécénat et de parrainage ;
11° Le produit des aliénations ;
12° Le produit des placements et participations ;
13° D'une façon générale, toute autre recette provenant de l'exercice de ses activités et de ses installations.
Les produits et revenus de toute nature des immeubles mis à la disposition de l'Etablissement public du palais de la Découverte et de la Cité des sciences et de l'industrie ainsi que tout autre produit sont recouvrés par l'établissement.

Les dépenses de l'établissement comprennent :
1° Les frais de personnel ;
2° Les frais de fonctionnement, d'entretien et d'équipement ;
3° Les dépenses d'acquisition des biens mobiliers et immobiliers ;
4° D'une façon générale, toutes les dépenses nécessaires à l'accomplissement de ses missions.

Sans préjudice des dispositions du premier alinéa de l'article 5 du décret n° 2011-52 du 13 janvier 2011 relatif à l'Etablissement public de la Réunion des musées nationaux et du Grand Palais des Champs-Elysées, les immeubles appartenant à l'Etat et affectés de façon permanente au ministère de la culture, qui sont nécessaires à l'exercice des missions définies à l'article R. 335-2, sont mis à la disposition de l'Etablissement public du palais de la Découverte et de la Cité des sciences et de l'industrie, par convention, dans les conditions prévues aux articles R. 2313-1 à R. 2313-6 du code général de la propriété des personnes publiques.
L'établissement est substitué à l'Etat pour la gestion de ces immeubles.