Des membres suppléants peuvent être désignés dans les mêmes conditions que les titulaires. Lorsque l'instance ne dispose pas de suppléants, tout membre peut se faire représenter par un autre membre. Chaque membre ne peut détenir qu'un seul mandat de représentation.
Les instances ne peuvent valablement délibérer que si plus de la moitié des membres ayant voix délibérative sont présents ou représentés lors de l'ouverture de la réunion.
Si ce quorum n'est pas atteint, l'instance est à nouveau convoquée dans un délai de quinze jours, sur le même ordre du jour. Elle peut alors valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
A l'exception des représentants de l'État et des autres personnes publiques, chaque membre d'une instance dispose d'une voix délibérative. Toutefois, les membres représentant l'État et les autres personnes publiques disposent chacun d'une voix délibérative au conseil d'administration.
Les délibérations sont acquises à la majorité des suffrages exprimés des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.
En cas d'urgence justifiée et sur décision de leur président, les instances peuvent se prononcer selon des modalités électroniques ou audiovisuelles préservant la collégialité des débats dans les conditions prévues par le décret du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial. Dans ce cas, la délibération n'est valable que si la moitié au moins des membres en exercice ont pris part à la procédure. Chaque conseil peut se doter, chacun pour ce qui le concerne, d'un règlement intérieur précisant ses modalités de fonctionnement.