L'Académie de marine est divisée en six sections :

- la section Marine militaire ;

- la section Marine marchande et plaisance ;

- la section Sciences et techniques ;

- la section Navigation et océanologie ;

- la section Histoire, lettres et arts ;

- la section Droit et économie.

Chaque section est composée de onze membres titulaires et de quatre membres correspondants.

Les membres associés ne sont pas affectés à des sections particulières.