La commission consultative paritaire unifiée est présidée par le directeur des ressources humaines du ministère de la défense ou son représentant.
La commission élabore son règlement intérieur qui est soumis à l'approbation du directeur des ressources humaines du ministère de la défense.
Le secrétariat est assuré par un représentant de l'administration qui peut ne pas être membre de la commission. Un représentant du personnel est désigné par la commission en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
Un procès-verbal est établi après chaque séance. Il est signé par le président et contresigné par le secrétaire et le secrétaire adjoint. Ce procès-verbal est soumis à l'approbation des membres lors de la séance suivante.