Le directeur de l'Ecole nationale des travaux publics de l'Etat est nommé pour cinq ans par décret pris sur le rapport du ministre chargé du développement durable après avis du conseil d'administration. Son mandat est renouvelable une fois.
Il est nommé après appel public à candidature publié au Journal officiel de la République française.
Chaque candidat à la fonction de directeur présente à l'appui de sa candidature un projet pour l'établissement. Le règlement intérieur de l'école précise les modalités de l'appel public à candidature et de l'examen des candidatures. L'avis du conseil d'administration mentionné au premier alinéa porte, pour chacun des candidats, sur ses aptitudes à occuper la fonction et sur la pertinence de son projet pour l'établissement.
Les fonctions de directeur sont incompatibles avec l'exercice, au sein de l'école, de toute fonction élective.
Il est assisté d'un ou plusieurs directeurs adjoints. Lorsque la nomination du directeur adjoint ne relève pas du directeur de l'école, elle est prononcée par l'autorité de nomination sur proposition de ce dernier.