Le traitement des demandes de l'aide mentionnée à l'article 16 et le versement de cette dernière sont confiés à l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie, avec laquelle l'Etat conclut à cette fin une convention fixant notamment le rôle de l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie et les conditions dans lesquelles l'Agence de l'environnement et de la maîtrise de l'énergie se voit couvrir les frais réputés induits au titre de cette gestion.
Le ministre chargé de l'industrie et le ministre chargé de l'environnement sont seuls décisionnaires de l'octroi et du montant des aides allouées.