La compensation des notes s'opère entre deux unités d'enseignement à condition qu'aucune des notes obtenues par l'étudiant pour ces unités ne soit inférieure à 8 sur 20.
Les unités d'enseignement qui donnent droit à compensation entre elles sont les suivantes :
Au premier cycle :

- UE 1 « Santé publique » et UE 2 « Sciences humaines et sciences sociales » ;
- UE 6 « Théories, modèles, méthodes et outils en kinésithérapie » et UE 8 « Méthodes de travail et méthodes de recherche » ;

Au deuxième cycle :

- UE 22 « Théories, modèles, méthodes et outils en réadaptation » et UE 24 « Intervention du kinésithérapeute en santé publique ».

Les unités d'enseignement optionnelles donnent lieu à compensation entre elles dans chacun des deux cycles.
Les autres unités d'enseignement ne donnent jamais lieu à compensation.