Dans le cas où certaines dépenses acquittées par le bénéficiaire ne sont pas exclusivement liées au projet cofinancé, le bénéficiaire doit déterminer la part des dépenses consacrée au projet en appliquant :

- soit un taux de décote représentant la part de l'action qui ne répond pas aux objectifs des fonds et qui doit être défalquée du coût total ;
- soit un taux d'affectation permettant de déterminer la part des dépenses consacrée au projet en l'appliquant sur des dépenses directes.

Le niveau de réalisation de chaque taux est justifié lors de la production d'un rapport d'exécution.