La sous-direction du financement de l'enseignement supérieur est chargée de l'élaboration, du suivi et de la synthèse des programmes budgétaires relatifs aux formations supérieures et à la recherche universitaire et de la définition des critères d'analyse de la performance des établissements. Elle pilote la gestion prévisionnelle des emplois du programme et assure la transparence du financement des établissements à travers l'allocation des moyens ainsi que le suivi de leur situation financière.
La sous-direction du financement de l'enseignement supérieur est constituée :
― du département de la synthèse budgétaire ;
― du département de l'allocation des moyens ;
― du département d'analyse financière des établissements.