A l'issue de chaque année civile, un bilan d'application du contrat est réalisé par l'agence régionale sur la base des données fournies par l'organisme d'assurance maladie du siège social du transporteur signataire.
En fonction du respect des engagements et de l'atteinte des objectifs fixés au contrat, l'agence régionale de santé demande à la caisse primaire d'assurance maladie le versement de la contrepartie financière, calculée selon les modalités précisées en annexe du contrat.