S'il identifie des dysfonctionnements ou des risques budgétaires et financiers dans la gestion de l'établissement, il en informe par écrit l'ordonnateur, qui lui fait connaître dans la même forme les mesures qu'il envisage de prendre pour y remédier. Le cas échéant, il en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés.
En cas de non-respect constaté par l'autorité chargée du contrôle financier des dispositions du présent arrêté ou en cas de dépassement des crédits ouverts au budget de l'établissement, ou encore en cas de charges annuelles incompatibles avec l'équilibre financier de l'établissement, le contrôleur financier peut proposer aux ministres chargés du budget et de la recherche un renforcement des contrôles définis dans le présent arrêté. Il en rend compte au ministre chargé du budget.