L'autorité chargée du contrôle financier sur l'Agence nationale de la recherche, ci-après dénommée « le contrôleur », exerce une mission générale de contrôle de la gestion budgétaire et financière de l'agence. Elle contribue notamment, en vue de leur prévention, à l'identification des risques budgétaires et financiers, directs ou indirects, auxquels l'agence est susceptible d'être confrontée. Elle en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés.
Dans ce cadre, le contrôleur peut évaluer, en liaison avec l'ordonnateur, les circuits et procédures mis en place pour l'exécution du budget de l'établissement. Il coordonne son intervention avec celle de l'agent comptable au titre du contrôle allégé partenarial.
Il établit un rapport annuel sur la gestion budgétaire et financière de l'établissement, qu'il transmet au ministre chargé du budget et aux ministres intéressés ainsi qu'à l'ordonnateur.

Le contrôleur a entrée avec voix consultative au conseil d'administration. Il reçoit dans les mêmes conditions que leurs membres les convocations, ordres du jour et tous les documents qui doivent leur être adressés avant chaque séance. Les procès-verbaux lui sont adressés dès leur établissement.
En accord avec l'ordonnateur, le contrôleur peut également assister aux réunions des comités entrant dans son champ de compétence.

Le contrôleur est destinataire pour avis d'un projet de budget initial et de documents prévisionnels de gestion. Ces documents lui sont transmis au plus tard six semaines avant le début de l'exercice concerné. Il vérifie le caractère sincère des prévisions de dépenses et de recettes et veille au respect des plafonds limitatifs de crédits ouverts au budget de l'établissement et au suivi des équivalents temps plein travaillés.
Les documents prévisionnels de gestion comportent un état prévisionnel du budget de fonctionnement, un état prévisionnel de la programmation, un état retraçant les grandes composantes de la masse salariale, sa déclinaison en équivalents temps plein travaillés et les perspectives la concernant, un échéancier prévisionnel des entrées et sorties du personnel directement rémunéré par l'établissement et une présentation détaillée des opérations pluriannuelles permettant de le renseigner sur la capacité d'engagement de l'agence.
Les comptes rendus d'exécution budgétaires sont présentés dans le même format que le budget voté.

Le contrôleur reçoit, selon une périodicité et des modalités qu'il fixe après consultation de l'ordonnateur, les documents suivants :
- la prévision de répartition des crédits ouverts au budget et son actualisation ;
- la situation de l'exécution du budget, en recettes et en dépenses, précisant notamment la consommation des crédits limitativement ouverts. Cette situation est complétée en tant que de besoin d'une actualisation des documents prévisionnels transmis à l'appui du projet de budget ;
- la situation de trésorerie et l'état des placements ;
- l'état des recettes propres ;
- l'état des contrats de recrutement à durée déterminée et indéterminée ;
- les décisions portant nomination, détachement, reclassement, avancement de grade ou de corps, ou réintégration de personnels ;
- les documents relatifs aux procédures de contrôle interne mises en place par l'agence ;
- les barèmes indemnitaires et barèmes de rémunération, accompagnés de leurs modalités de mise en oeuvre ;
- les actes juridiques engageant une dépense supérieure à un seuil fixé après consultation de l'ordonnateur.

Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à l'ordonnateur et aux ministères de tutelle un programme annuel de vérification a posteriori, en fonction des risques budgétaires et financiers qu'il aura identifiés, après consultation de l'ordonnateur et en concertation avec les ministères de tutelle. Indépendamment de ce programme, il peut, à tout moment, procéder à la vérification a posteriori d'un acte particulier.
L'ordonnateur est tenu de communiquer, à la demande du contrôleur, tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.

S'il identifie des dysfonctionnements ou des risques budgétaires et financiers dans la gestion de l'établissement, il en informe par écrit l'ordonnateur, qui lui fait connaître dans la même forme les mesures qu'il envisage de prendre pour y remédier. Le cas échéant, il en rend compte au ministre chargé du budget et en informe les ministres intéressés.
En cas de non-respect constaté par l'autorité chargée du contrôle financier des dispositions du présent arrêté ou en cas de dépassement des crédits ouverts au budget de l'établissement, ou encore en cas de charges annuelles incompatibles avec l'équilibre financier de l'établissement, le contrôleur financier peut proposer aux ministres chargés du budget et de la recherche un renforcement des contrôles définis dans le présent arrêté. Il en rend compte au ministre chargé du budget.

Le présent arrêté sera publié au Journal officiel de la République française.