Le contrôleur peut mettre en place et communiquer à l'ordonnateur et aux ministères de tutelle un programme annuel de vérification a posteriori, en fonction des risques budgétaires et financiers qu'il aura identifiés, après consultation de l'ordonnateur et en concertation avec les ministères de tutelle. Indépendamment de ce programme, il peut, à tout moment, procéder à la vérification a posteriori d'un acte particulier.
L'ordonnateur est tenu de communiquer, à la demande du contrôleur, tous les documents nécessaires au bon accomplissement d'une vérification a posteriori.