Les eaux de pluie provenant des toitures et présentant un risque de contact avec des eaux souillées ou des effluents d'élevage doivent être collectées par une gouttière ou par tout dispositif équivalent. Elles sont soit stockées en vue d'une utilisation ultérieure, soit évacuées vers le milieu naturel ou un réseau particulier. Elles ne doivent en aucun cas être mélangées aux effluents d'élevage ni être rejetées sur les aires d'exercice.
Les aliments stockés en dehors des bâtiments (à l'exception du front d'attaque, dans le cas de silos en libre-service) sont couverts en permanence par une bâche maintenue en bon état ou tout autre dispositif équivalent afin de les protéger de la pluie.