Le comité du contentieux des enquêtes publiques obligatoires ne peut valablement délibérer qu'en présence de cinq membres au moins en dehors du président et du rapporteur. Les décisions sont prises à la majorité des voix. En cas de partage égal, la voix du président est prépondérante.
La délibération est suivie de la rédaction d'un avis signé par le président. L'avis est adressé par le président au ministre chargé de l'économie et au ministre intéressé accompagné du procès-verbal de la discussion.