Outre leur président, les deux sections sont composées :
a) D'un collège des organismes certificateurs ;
b) D'un collège des producteurs agricoles ;
c) D'un collège des représentants des filières agricoles et alimentaires ;
d) D'un collège des représentants des organisations de consommateurs, des associations de protection de la nature et des syndicats de salariés agricoles ;
e) D'un collège de personnalités qualifiées ;
f) D'un collège des représentants de l'administration.
La commission permanente est composée du président de la commission nationale, des présidents des sections et de représentants des ministres chargés de l'agriculture et de la consommation.