L'indemnité de mission se décompte par journée complète passée en outre-mer où s'accomplit le déplacement. La journée d'arrivée et la journée de départ donnent lieu chacune à l'attribution d'une indemnité journalière.
Lorsque la durée de la mission est supérieure à trente jours, le taux journalier de l'indemnité de mission est réduit de 20 % pour la période comprise entre le trente et unième jour et la fin du sixième mois et de 40 % pour la période comprise entre le début du septième mois et la fin du douzième mois.