La comptabilité du fonds d'assurance formation est tenue par référence au plan comptable applicable aux organismes collecteurs paritaires mentionnés à l'article R. 964-1-12 du code du travail. Elle est certifiée par un commissaire aux comptes en application des dispositions relatives à la prévention et au règlement amiable des difficultés des entreprises prévues aux articles L. 612-1 à L. 612-4 du code de commerce.
Les pièces justificatives des recettes et des dépenses doivent être conservées pendant un délai minimum de cinq ans après la clôture de l'exercice pour être présentées à toute réquisition.