La commission consultative paritaire se réunit au moins une fois par an. Le secrétariat de la commission est assuré par la direction générale de l'administration. Un représentant des personnels est désigné en son sein pour exercer les fonctions de secrétaire adjoint.
La commission élabore son règlement intérieur qui doit être approuvé par décision du ministre chargé de l'agriculture.