Le contrôle économique et financier de l'agence est exercé dans les conditions prévues par le décret du 26 mai 1955 susvisé.
Toutefois, par dérogation à l'article 9 du décret du 26 mai 1955 susvisé, les modalités spéciales d'exercice du contrôle d'Etat sont précisées, en tant que de besoin, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie, du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la politique de la ville. Ces dispositions ne peuvent cependant soumettre les décisions de l'agence à l'exigence d'un visa préalable du contrôleur d'Etat.