Le calcul des aides allouées à chaque agriculteur est effectué selon les règles définies par le programme de développement rural régional de la région où sont situées les surfaces agricoles de l'exploitation bénéficiaire et, le cas échéant, par le cadre national mentionné à l'article D. 113-18.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget détermine les modalités de définition des sous-zones à l'intérieur de chaque zone défavorisée. Cet arrêté précise, en tant que de besoin, les règles d'éligibilité exposées dans le cadre national ou les programmes de développement rural régionaux. Il détermine les surfaces et les catégories de cheptel retenues pour le calcul du taux de chargement lorsqu'un tel critère est prévu par le cadre national ou le programme de développement rural régional applicable à la région concernée. Ce même arrêté précise les modalités de mise en œuvre du mécanisme de stabilisation budgétaire des crédits de l'Etat assurant le cofinancement relevant du Fonds européen agricole pour le développement rural prévu dans le cadre national ou les programmes de développement rural régionaux.

Un arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture et du budget fixe, chaque année et pour chaque région, le montant du coefficient de stabilisation déterminant le montant définitif de l'indemnité de chaque bénéficiaire.

Les surfaces situées hors de la région dans laquelle est situé le siège d'exploitation sont indemnisées conformément aux règles relatives aux zones défavorisées retenues par le programme de développement rural de la région où elles sont situées.

En cas de non-respect des critères d'admissibilité qui conditionnent l'attribution des aides, l'autorité de gestion mentionnée à l'article 78 de la loi n° 2014-58 du 27 janvier 2014 de modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles refuse ou retire tout ou partie des paiements, dans les conditions définies aux titres II et III du règlement délégué (UE) n° 640/2014 de la Commission du 11 mars 2014 complétant le règlement (UE) n° 1306/2013 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne le système intégré de gestion et de contrôle, les conditions relatives au refus ou au retrait des paiements et des sanctions administratives applicables aux paiements directs, le soutien au développement rural et la conditionnalité, sous réserve des dispositions de l'article D. 113-21.

Les retraits ou le refus des paiements prononcés en application du premier alinéa s'appliquent à l'année de la demande.

Lorsque le calcul du montant de l'aide est déterminé par application d'un taux de chargement prévu par le cadre national ou le plan de développement rural régional concerné, l'autorité de gestion peut prononcer la déchéance de tout ou partie de l'aide dans les conditions fixées ci-dessous.

Lorsque le montant constaté, qui est le montant de l'aide résultant de la prise en compte des éléments relatifs aux animaux et aux surfaces constatés à la suite d'un contrôle, est supérieur ou égal au montant déclaré, qui est le montant de l'aide résultant de la prise en compte des mêmes éléments déclarés par le demandeur pour l'attribution des différentes aides agricoles, le montant de l'aide est égal au montant déclaré.

Lorsque le montant constaté est inférieur au montant déclaré, le montant de l'aide est égal au montant constaté diminué d'une pénalité liée à l'amplitude de l'écart, mesurée par un taux d'écart défini comme la différence entre les deux montants rapportée à la valeur du montant constaté. La pénalité est égale :

- à zéro si le taux d'écart est inférieur ou égal à 3 % ;

- au double du taux d'écart multiplié par le montant constaté, si celui-ci est supérieur à 3 % et inférieur ou égal à 20 % ;

- à 100 % du montant constaté si le taux d'écart est supérieur à 20 %.

Si le taux d'écart est supérieur à 50 %, la pénalité est égale à 100 % du montant constaté. En outre, les montants des aides éventuellement demandées par le bénéficiaire au titre des années suivantes sont diminués ou supprimés jusqu'à ce que le montant total cumulé de ces pénalités soit égal à la différence entre le montant déclaré et le montant constaté.

Pour le calcul de la pénalité, lorsque le montant unitaire correspondant au taux de chargement déclaré est inférieur ou égal au montant unitaire correspondant au taux de chargement constaté, le montant unitaire retenu, pour les zones concernées, est celui correspondant au taux de chargement déclaré. Lorsque le montant unitaire correspondant au taux de chargement constaté est inférieur au montant unitaire correspondant au taux de chargement déclaré, le montant unitaire retenu, pour les zones concernées, est celui correspondant au taux de chargement constaté majoré de 5%.