L'agence est dotée d'un conseil d'administration qui comprend, outre son président :

1° Dix membres de droit :

Deux représentants du ministre chargé de l'agriculture :

- le directeur général des politiques économique, européenne et internationale ou son représentant ;

- le directeur des affaires financières et de la logistique ou son représentant ;

Deux représentants des ministres chargés de l'économie et du budget :

- le directeur du budget ou son représentant ;

- le directeur général de la comptabilité publique ou son représentant ;

Un représentant du ministre chargé de l'outre-mer ;

Le directeur général de l'Office national interprofessionnel des grandes cultures ou son représentant ;

Le directeur de l'Office national interprofessionnel des fruits, des légumes, des vins et de l'horticulture ou son représentant ;

Le directeur de l'Office national interprofessionnel de l'élevage et de ses productions ou son représentant ;

Le directeur de l'Office de développement de l'économie agricole dans les départements d'outre-mer ou son représentant ;

Le directeur général du Centre national pour l'aménagement des structures des exploitations agricoles ou son représentant ;

2° Huit personnalités désignées en raison de leur compétence par le ministre en charge de l'agriculture ;

3° Deux représentants des syndicats de salariés de l'établissement, choisis parmi les personnes proposées par les organisations les plus représentatives.

Un directeur départemental de l'agriculture et de la forêt et un directeur départemental des services vétérinaires assistent au conseil d'administration en qualité d'experts, avec voix consultative.

Les membres du conseil d'administration sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture pour une durée de trois ans. Ce mandat est renouvelable.

Le mandat d'un membre du conseil d'administration prend fin lorsqu'il perd la qualité au titre de laquelle il a été désigné. Il est remplacé, ainsi que les membres démissionnaires ou décédés. Le mandat des nouveaux membres expire en même temps que celui des autres membres.

Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit, sous réserve du remboursement des frais de déplacement et de séjour, dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires civils de l'Etat.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret, sur le rapport du ministre chargé de l'agriculture, pour une durée de trois ans.

En cas de vacance du poste de président ou d'empêchement de celui-ci, la présidence du conseil est assurée par l'un des représentants du ministre chargé de l'agriculture.

Le conseil d'administration règle par ses délibérations les affaires de l'agence.

Il délibère notamment sur :

- le règlement intérieur du conseil ;

- l'état prévisionnel des recettes et des dépenses et ses modifications ;

- le rapport annuel d'activité ;

- le compte financier et les propositions relatives à la fixation et l'affectation des bénéfices et la constitution de réserves ;

- l'acquisition ou l'aliénation de biens mobiliers ou immobiliers ;

- la conclusion d'emprunts ;

- les prises, cessions ou extensions de participations financières ainsi que la création de filiales et la participation à des groupements d'intérêt public ou des groupements d'intérêt économique.

Il délibère obligatoirement sur les projets de conventions prévus au premier alinéa de l'article L. 622-1.

Le conseil d'administration peut déléguer au directeur général de l'Agence unique de paiement les décisions relatives aux acquisitions et cessions patrimoniales mobilières ou immobilières d'un montant inférieur à 1,5 million d'euros ainsi que celles, quel que soit leur montant, concernant les matériels, développements ou logiciels informatiques nécessaires à l'accomplissement des missions de l'établissement.

Il est tenu régulièrement informé par le ministre chargé de l'agriculture des travaux de la Communauté européenne en ce qui concerne l'élaboration et l'application de la politique agricole commune.

Le conseil d'administration se réunit au minimum deux fois par an sur convocation de son président. La convocation est de droit si elle est demandée par la moitié au moins des membres en exercice ou par le ministre chargé de l'agriculture ou le ministre chargé du budget.

Le directeur général, le membre du contrôle général économique et financier placé auprès de l'office et l'agent comptable assistent de droit aux séances avec voix consultative.

Le président du conseil d'administration peut, en outre, inviter à assister aux séances, à titre d'expert, toute personne qualifiée dont il estime la présence utile.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si le nombre de membres présents ou représentés atteint la moitié au moins des membres en exercice. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre de membres présents.

Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président de séance est prépondérante.

Un membre du conseil de direction ou d'un conseil d'administration peut se faire représenter par un autre membre. Chaque membre ne peut disposer que d'un seul mandat.

La direction de l'agence est confiée à un directeur général nommé par décret sur proposition du ministre chargé de l'agriculture.

Le directeur général de l'agence :

- prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;

- recrute, nomme et gère les agents de l'agence, sous réserve des dispositions de l'article R. 622-45 ; il a autorité sur l'ensemble des personnels de l'agence ;

- représente celle-ci en justice et dans tous les actes de la vie civile ; il décide des actions en justice, dont il rend compte, au minimum une fois par an, au conseil d'administration ;

- passe au nom de l'agence les contrats, conventions, marchés et les actes d'acquisition, de vente et de transaction, sous réserve des attributions conférées au conseil d'administration en vertu de la présente section ;

- est ordonnateur principal des recettes et des dépenses du budget de l'établissement ;

- peut désigner des ordonnateurs secondaires et, sur proposition de l'agent comptable, des comptables secondaires ;

- engage les dépenses et liquide les droits et charges de l'agence ; il émet les ordres de recettes et de dépenses ;

- à la faculté de conclure des transactions, dans les conditions prévues par les articles 2044 et suivants du code civil, sous réserve de l'accord préalable du conseil d'administration.

Il peut déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité.

Des directions régionales de l'agence peuvent concourir, dans leur zone de compétence territoriale, à la préparation et à la mise en oeuvre des actions de l'agence.

Le directeur général détermine leur zone de compétence géographique, après avis du conseil d'administration.