Le conseil d'administration de l'agence est présidé par le président-directeur général de l'établissement. Il comprend, outre son président :

1° Douze membres représentant l'Etat :

a) Le directeur général de la performance économique et environnementale des entreprises ou son représentant ;

b) Le directeur des affaires financières, sociales et logistiques au ministère chargé de l'agriculture, ou son représentant ;

c) Le directeur des pêches maritimes et de l'aquaculture ou son représentant ;

d) Le directeur général de la cohésion sociale ou son représentant ;

e) Le directeur de la direction de l'animation et de la recherche, des études et des statistiques ou son représentant ;

f) Le délégué général à l'emploi et à la formation professionnelle ou son représentant ;

g) Un représentant du ministre chargé de l'aménagement du territoire désigné par celui-ci ;

h) Le directeur général de l'aménagement, du logement et de la nature, ou son représentant ;

i) Le directeur du budget ou son représentant ;

j) Le directeur général des finances publiques ou son représentant ;

k) Le directeur général des collectivités locales ou son représentant ;

l) Le directeur général des outre-mer ou son représentant.

2° Dix représentants d'établissements et organismes publics et organisations professionnelles partenaires :

a) Le président de Chambres d'agriculture France ou son représentant ;

b) Le président du Comité national des pêches maritimes et des élevages marins ou son représentant ;

c) Le président de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la pêche (FranceAgriMer) ou son représentant ;

d) Le président de l'Office de développement de l'économie agricole d'outre-mer ou son représentant ;

e) Le directeur général de l'opérateur France Travail ou son représentant ;

f) Cinq personnalités choisies parmi les personnes proposées par les organisations syndicales d'exploitants agricoles représentatives mentionnées à l'article R. 514-39, nommées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Participent aux travaux du conseil d'administration avec voix consultative :

a) Le commissaire du Gouvernement ;

b) Un représentant de chacun des syndicats représentés au comité technique ;

c) Le président de l'Association des régions de France ou son représentant ;

d) Le président d'une association agréée de protection de l'environnement désignée après avis du ministre chargé de l'écologie, de l'environnement et du développement durables, ou son représentant ;

e) L'agent comptable ;

f) Le contrôleur budgétaire ;

g) Un représentant des services déconcentrés désigné par le ministre chargé de l'emploi ;

h) Un directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt.

Le président-directeur général peut inviter à assister aux séances, à titre d'expert, toute personne qualifiée dont il estime la présence utile.

Les personnes désignées au f du 2° de l'article D. 313-17 et au d de l'article D. 313-18 sont nommées pour une durée de trois ans.

Lorsque l'une de ces personnes, par suite de décès, de démission, de départ à la retraite ou pour toute autre cause cesse d'exercer les fonctions en raison desquelles elle a été nommée, avant l'expiration de cette durée de trois ans, il est pourvu à son remplacement dans un délai de trois mois. Ce remplaçant siège jusqu'à l'expiration de la période restant à courir jusqu'à l'expiration de cette durée de trois ans.

Les membres du conseil d'administration exercent leurs fonctions à titre gratuit.

Les membres du conseil d'administration bénéficient du remboursement des frais de déplacement et de séjour effectivement supportés par eux à l'occasion des réunions du conseil, dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an sur convocation du président-directeur général, qui fixe l'ordre du jour de la séance.

La convocation du conseil d'administration est de droit si elle est demandée par la moitié au moins de ses membres ou par le commissaire du Gouvernement.

Le conseil d'administration ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins des membres en exercice sont présents ou représentés. Les délibérations sont adoptées à la majorité des membres présents et représentés. La voix du président-directeur général ou de son suppléant est prépondérante en cas de partage égal des voix.

En cas d'absence du président-directeur général, la présidence de séance est assurée par un vice-président de séance, désigné par les ministres de tutelle parmi les membres représentant l'Etat.

En cas d'urgence, les délibérations du conseil peuvent être adoptées par des modalités de consultation électronique ou audiovisuelle préservant la collégialité des débats selon les modalités définies par le règlement intérieur du conseil d'administration.

Le conseil d'administration définit la politique générale de l'établissement ainsi que son organisation générale, notamment sa représentation territoriale, sur proposition du président-directeur général.

I. - Sont soumis à l'approbation du conseil d'administration :

1° Le règlement intérieur du conseil ;

2° Le contrat pluriannuel d'objectifs et de performance conclu avec l'Etat ;

3° Le budget initial de l'établissement et les budgets rectificatifs ;

4° (Supprimé) ;

5° Le rapport annuel d'exécution budgétaire et analytique ;

6° (Supprimé) ;

7° Le compte financier ;

8° Les conditions générales selon lesquelles sont conclues les conventions en application de l'article L. 313-2 ;

9° Les prises, cessions ou extensions de participations financières ainsi que la création de filiales et la participation à des groupements d'intérêt public ou des groupements d'intérêt économique ;

10° Les emprunts et lignes de trésorerie ;

11° Les opérations d'investissement d'un montant supérieur à un seuil qu'il détermine ;

12° Les acquisitions et ventes de biens immobiliers dont la valeur excède un montant fixé par le règlement intérieur du conseil ;

13° Les opérations de transfert d'actifs au profit de l'établissement le conduisant à assumer la gestion et le contrôle des biens transférés ;

14° Les marchés et autres contrats comportant, de la part de l'agence, un engagement financier dont la valeur excède un montant fixé par le règlement intérieur du conseil ;

15° Les transactions d'un montant supérieur à un seuil qu'il détermine ;

16° L'acceptation des dons et legs.

17° Le schéma pluriannuel de stratégie immobilière ;

18° Le schéma directeur des systèmes d'information ;

19° Le plan d'actions “ achats ”.

II. - Le conseil d'administration est tenu informé :

a) Du projet d'établissement ;

b) Des comptes rendus annuels de l'exécution du projet d'établissement et du contrat d'objectifs et de performance ;

c) Des opérations financières relatives aux crédits de transfert et gérés en compte de tiers ou conclues dans le cadre des missions de coordination des opérations de préfinancement national des dépenses des organismes payeurs ;

d) Des baux et locations d'immeubles d'une durée excédant neuf années ;

e) Des transactions autres que celles mentionnées au 15° du I ;

f) Les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel ;

g) L'état d'avancement du schéma pluriannuel de stratégie immobilière, du schéma directeur des systèmes d'information et du plan d'actions “ achats ”.

Nonobstant les dispositions du 12° du I et du d du II, l'approbation ou l'information du conseil d'administration n'est pas requise pour l'acquisition et l'aliénation de biens immobiliers ou pour la conclusion de baux, en application de dispositions législatives particulières confiant à l'agence une mission d'intervention foncière.

Le conseil d'administration peut déléguer au président-directeur général certaines de ses attributions dans les limites qu'il détermine, à l'exclusion de celles mentionnées aux 2°, 3°, 5°, 7° et 9° et sous réserve que le président-directeur général rende compte, lors de la prochaine séance du conseil d'administration, des décisions qu'il a prises en vertu de cette délégation.

Les délibérations portant sur les matières mentionnées aux 1°, 2°, 5° et 14° à 16° du I de l'article D. 313-22 sont exécutoires à l'expiration d'un délai de quinze jours à compter de la tenue du conseil d'administration, sauf exercice de son droit de veto par le commissaire du Gouvernement dans les conditions prévues à l'article D. 313-44.

Les délibérations portant sur les matières mentionnées aux 3° et 7° du I de l'article D. 313-22 sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Toutefois, pour les opérations effectuées au titre des réglementations européennes, cette approbation est réputée acquise à la date de réception, par les autorités de tutelle, de la délibération et des documents correspondants.

Les délibérations portant sur les matières mentionnées aux 9° et 11° à 13° du I de l'article D. 313-22 sont approuvées par les ministres de tutelle à défaut d'approbation expresse déjà notifiée et à l'expiration d'un délai d'un mois partant de la date de réception par ces ministres, de ces délibérations et des documents correspondants, à moins que l'une des tutelles n'y fasse opposition pendant ce délai. Lorsqu'un ministre de tutelle demande par écrit des informations ou documents complémentaires, ce délai est suspendu jusqu'à la production de ces informations ou documents.

Le président-directeur général est nommé pour une durée de trois ans par décret, sur proposition conjointe des ministres en charge de l'agriculture et de l'emploi.

Il est assisté d'un directeur général délégué qu'il désigne et qui, sous réserve des dispositions de l'article D. 313-21, le supplée en cas d'absence ou d'empêchement.

Le président-directeur général dirige et représente l'Agence de services et de paiement. Il met en œuvre la politique générale et l'organisation territoriale définies par le conseil d'administration et assure la coordination des missions de l'agence. Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution.

Il accomplit tous les actes qui ne relèvent pas du conseil d'administration en vertu de la présente section ou de dispositions de portée générale.

Il recrute, nomme et gère les agents de l'agence.

Il a autorité sur l'ensemble du personnel de l'établissement.

Il représente l'agence en justice et dans tous les actes de la vie civile ; il décide des actions en justice, dont il rend compte au conseil d'administration.

Il passe au nom de l'agence les contrats, conventions, marchés, baux et les actes d'acquisition, de vente et de transaction, sous réserve des attributions conférées au conseil d'administration.

Il définit la politique d'achat de l'établissement.

Il est ordonnateur principal des recettes et des dépenses du budget de l'établissement. Il nomme les ordonnateurs secondaires.

Il a la faculté de conclure des transactions, dans les conditions prévues par les articles 2044 et suivants du code civil.

Il peut déléguer sa signature aux agents placés sous son autorité. Les actes de délégation font l'objet d'une publication au Bulletin officiel du ministère de rattachement du commissaire du Gouvernement.