La commission se compose du préfet de région, coordonnateur de bassin, ou de son représentant, des chefs de service déconcentrés de l'Etat siégeant au comité de bassin et, à parité du nombre de leurs membres :

1° Du collège des représentants des associations agréées au titre de la protection de la nature ;

2° Du collège de représentants des fédérations départementales des associations agréées de pêche et de pisciculture et des associations agréées de pêcheurs professionnels en eau douce ;

3° Du collège des représentants, à parité, des riverains, des collectivités locales situées en tout ou en partie dans le bassin, des catégories d'usagers au sens de l'article 13 de la loi n° 64-1245 du 16 décembre 1964 relative au régime et à la répartition des eaux et à la lutte contre leur pollution et des personnes qualifiées dans le domaine des milieux naturels aquatiques.

A l'exception des représentants des riverains et des personnes qualifiées dans le domaine des milieux naturels aquatiques, les membres des collèges sont désignés par le comité de bassin au sein de chacune des catégories fixées par l'article 1er du décret n° 66-699 du 14 septembre 1966 relatif aux comités de bassin, dans la limite du nombre de représentants de ces catégories siégeant au comité de bassin, et, pour le surplus, par les autorités ou les organismes chargés de désigner, en application de ce décret, les représentants des intérêts concernés au comité de bassin.

Les représentants des riverains et des personnes qualifiées dans le domaine des milieux naturels aquatiques sont désignés par le préfet de région, coordonnateur de bassin.

Le nombre de membres et la composition de chacun des collèges prévus à l'article R. 233-3 sont fixés, pour chaque bassin, par arrêté du ministre chargé de l'environnement.

Les membres de la commission sont nommés pour six ans par arrêté du préfet de région, coordonnateur de bassin. Leur mandat est renouvelable.

Les membres de la commission décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, n'occupent plus les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés sont remplacés selon les mêmes modalités pour la durée du mandat restant à courir.

La commission élit pour trois ans un président et un vice-président. Les représentants de l'Etat ne prennent pas part au vote.

La commission se réunit sur convocation de son président et au moins une fois par an. Le président arrête l'ordre du jour des travaux et fixe la date des séances.

La commission ne peut valablement délibérer que si la moitié au moins de ses membres sont présents. Toutefois, lorsqu'une convocation n'a pas permis de réunir le quorum, les délibérations intervenues à la suite d'une seconde convocation sont valables quel que soit le nombre des membres présents. Les délibérations sont prises à la majorité des voix des membres présents. En cas de partage des voix, la voix du président est prépondérante.

La commission élabore son règlement intérieur.

Le directeur de l'agence financière de bassin et le directeur général du Conseil supérieur de la pêche, ou leurs représentants, assistent de droit aux séances de la commission avec voix consultative.

Le président de la commission peut inviter toute personne qualifiée à participer aux travaux de celle-ci avec voix consultative.

Les fonctions des membres de la commission ne donnent pas lieu à rémunération.

Les membres de la commission ainsi que les personnes appelées à siéger avec voix consultative sont assimilés, pour le remboursement des frais de déplacement et de séjour, aux agents de l'Etat et aux personnes qui collaborent aux conseils, comités, commissions et autres organismes qui apportent leur concours à l'Etat, conformément au décret n° 90-437 du 28 mai 1990 fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements des personnels civils sur le territoire métropolitain de la France lorsqu'ils sont à la charge des budgets de l'Etat, des établissements publics nationaux à caractère administratif et de certains organismes subventionnés. Ils reçoivent à ce titre des indemnités pour frais de déplacement et de séjour calculées dans les conditions fixées par ce décret.

Les dépenses de fonctionnement de la commission sont à la charge de l'agence financière de bassin.

La circonscription et le siège des commissions prévues à l'article L. 233-1, dénommées "commissions du milieu naturel aquatique de bassin", sont ceux des comités de bassin mentionnés à l'article 13 de la loi n° 64-1245 du 16 décembre 1964 relative au régime et à la répartition des eaux et à la lutte contre leur pollution.

La commission du milieu naturel aquatique de bassin est chargée de proposer les orientations de protection et de gestion des milieux naturels aquatiques du bassin.

Elle est consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, sur les projets de schémas départementaux de vocation piscicole prévus par l'article L. 233-2.

Elle peut être consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, ou par le président du comité de bassin sur le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et sur les schémas d'aménagement et de gestion des eaux, ainsi que sur le programme de l'agence financière de bassin.

Elle peut être consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, ou par le président du comité de bassin sur les projets de travaux ou d'aménagements, qui nécessitent une coordination à l'échelle du bassin et qui sont susceptibles d'avoir un effet sur le milieu naturel aquatique, notamment au regard de leur compatibilité avec les dispositions de schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.

Elle peut être consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, ou par le président du comité de bassin sur toute question concernant les milieux naturels aquatiques dans le bassin.