Le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement dispose notamment des ressources suivantes:
1° Subventions ;
2° Recettes contractuelles sur programme ;
3° Produits des exploitations expérimentales ;
4° Rémunérations des services rendus.

Le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement se conforme, en matière de gestion financière et comptable, aux règles en usage dans les sociétés industrielles et commerciales. Il tient sa comptabilité générale conformément aux règlements de l'Autorité des normes comptables. Il tient une comptabilité analytique.
A la fin de chaque année, le président du conseil d'administration établit le bilan, le compte de résultats de l'établissement et l'annexe et les présente à l'approbation du conseil d'administration.
Le centre est soumis au contrôle d'un commissaire aux comptes. Le ministre chargé de l'économie, sur proposition du conseil d'administration de l'établissement, désigne un commissaire aux comptes titulaire et un suppléant.

Un arrêté du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé du développement international et du ministre chargé du budget précise les modalités du fonctionnement financier, budgétaire et comptable du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement.

Les fonds du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement sont déposés chez un comptable du Trésor et ne bénéficient d'aucune rémunération.
Sur autorisation accordée par le ministre chargé de l'économie et le ministre chargé du budget, le centre peut, par dérogation, déposer ses fonds dans des établissements de crédit français ou étrangers.
Les fonds libres provenant de libéralités ou d'aliénation d'éléments du patrimoine ainsi que, sur décision expresse des ministres chargés de l'économie et du budget, les autres fonds, peuvent être placés :
1° Sur un ou plusieurs comptes à terme ouverts auprès du Trésor ;
2° Sur un compte de placement rémunéré ouvert auprès du Trésor ;
3° En titres, libellés en euros, détenus directement, émis ou garantis par les Etats membres de l'Union européenne ou les autres Etats parties à l'accord sur l'Espace économique européen.
Les modalités de fonctionnement des comptes à terme et du compte de placement rémunéré sont fixées par arrêté des ministres chargés de l'économie et du budget.

Le contrôle de la gestion financière du Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement est exercé, conformément aux décrets n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique ou social et n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat, par l'autorité chargée du contrôle économique et financier placée sous l'autorité du ministre chargé du budget.
Un arrêté du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé du développement international et du ministre chargé du budget précise les modalités d'application du présent article.