Le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement se conforme, en matière de gestion financière et comptable, aux règles en usage dans les sociétés industrielles et commerciales. Il tient sa comptabilité générale conformément aux règlements de l'Autorité des normes comptables. Il tient une comptabilité analytique.
A la fin de chaque année, le président du conseil d'administration établit le bilan, le compte de résultats de l'établissement et l'annexe et les présente à l'approbation du conseil d'administration.
Le centre est soumis au contrôle d'un commissaire aux comptes. Le ministre chargé de l'économie, sur proposition du conseil d'administration de l'établissement, désigne un commissaire aux comptes titulaire et un suppléant.