Le comité scientifique, placé auprès du président de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, est consulté par lui sur les programmes de recherche et sur les aspects scientifiques des programmes de développement technologique exécutés par l'institut.
Le comité scientifique donne son avis sur la cohérence d'ensemble de ces programmes et sur les priorités à accorder aux différentes propositions. Il émet des recommandations sur le développement des équipements lourds d'intérêt général, dont la gestion est confiée à l'établissement, et sur les propositions d'affectation de ces équipements au bénéfice de l'ensemble des utilisateurs. Il procède périodiquement à l'évaluation des résultats obtenus. Il peut formuler toutes propositions concernant l'orientation des recherches.
Le comité scientifique comprend seize membres, dont au moins un de nationalité étrangère. Treize membres, dont le président du comité, sont nommés par arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut, dont cinq sur proposition du président de l'institut. Trois membres sont élus par les personnels de l'institut, selon des modalités fixées par arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut. Les fonctions de membre du comité scientifique, d'une durée de cinq ans, sont renouvelables.
Les membres du comité scientifique décédés, démissionnaires ou qui cessent d'exercer les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin le mandat de leur prédécesseur.
Le comité scientifique se réunit sur convocation de son président, et, le cas échéant, à la demande du président de l'établissement.