L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer a pour missions de conduire et de promouvoir des recherches fondamentales et appliquées, des actions d'expertise et des actions de développement technologique et industriel destinées à :
1° Connaître, évaluer et mettre en valeur les ressources des océans et permettre leur exploitation durable ;
2° Améliorer les méthodes de surveillance, de prévision d'évolution, de protection et de mise en valeur du milieu marin et côtier ;
3° Favoriser le développement socio-économique du monde maritime.

Pour l'exécution de ses missions, qu'il exerce en liaison avec les organismes de recherche et de développement technologique, les établissements d'enseignement supérieur et les administrations intéressées, l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer est chargé :
1° De proposer au Gouvernement des programmes de recherche ou de développement et de les exécuter soit par ses moyens propres, soit par contrats ;
2° D'apporter à l'Etat et aux autres personnes morales de droit public son concours pour l'exercice de leurs responsabilités, notamment pour le contrôle de la qualité des produits de la mer et du milieu marin ;
3° D'apporter son concours, notamment par voie de contrats, aux professions maritimes et organismes intervenant dans les domaines scientifiques, techniques et économiques ;
4° D'assurer, dans les limites déterminées par les ministres exerçant la tutelle de l'institut, la maîtrise d'œuvre d'opérations complexes d'intérêt général, associant différents partenaires ;
5° De créer et de gérer des équipements lourds d'intérêt général, dont les navires, engins et équipements de l'infrastructure de recherche Flotte océanographique française opérée par l'Ifremer ;
6° De recueillir, diffuser et valoriser les informations nationales ou internationales ;
7° D'apporter son concours à la formation à la recherche et par la recherche ;
8° De participer à la recherche européenne, notamment aux programmes de l'Union européenne, ainsi qu'aux activités des organismes internationaux de recherche et d'aménagement des ressources et du milieu marin et côtier ;
9° De passer des conventions de coopération internationale en faveur du développement avec d'autres organismes exerçant des activités comparables.
L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer est associé à l'élaboration des accords intergouvernementaux scientifiques et technologiques dans le domaine marin et peut être chargé de leur mise en œuvre.

Le conseil d'administration de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer comprend :
1° Huit membres représentant l'Etat nommés par décret, sur proposition des ministres chargés de la recherche, de la mer, des pêches maritimes et des cultures marines, des affaires étrangères, de la défense, de l'outre-mer, du budget et de l'environnement ; ces membres peuvent, en cas d'absence ou d'empêchement, être remplacés par un suppléant nommément désigné dans les mêmes conditions que le titulaire ;
2° Six membres choisis en raison de leur compétence dans les domaines d'intervention de l'institut dont trois au titre des ressources vivantes ; ces personnalités sont nommées par décret, sur proposition conjointe des ministres exerçant la tutelle de l'institut ;
3° Sept membres élus par les personnels de l'institut dans les conditions prévues par le chapitre II du titre II de la loi n° 83-675 du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.
Le président du conseil d'administration, choisi parmi les membres du conseil d'administration sur proposition de celui-ci, est nommé pour cinq ans.
Les membres décédés, démissionnaires ou qui cessent d'exercer les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin le mandat de leur prédécesseur.
Un représentant du ministre chargé de l'industrie et le secrétaire général de la mer ou, en cas d'absence ou d'empêchement, le secrétaire général adjoint participent aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Le commissaire du Gouvernement, le président du comité scientifique, le contrôleur budgétaire et l'agent comptable assistent également aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Le président peut, en outre, inviter à assister aux séances toute personne dont il estime la présence utile.
Les membres du conseil d'administration, à l'exception du président, exercent leurs fonctions à titre gratuit.
Chaque représentant du personnel dispose pour l'exercice de son mandat d'un crédit d'heures mensuel égal à seize heures.

Le conseil d'administration détermine les grandes orientations de l'établissement.
Il délibère sur :
1° Les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement de l'institut ;
2° Le programme d'activité de l'institut et les modalités générales de ses interventions ;
3° Le budget et ses modifications ;
4° Le rapport annuel d'activité ;
5° Le compte financier et l'affectation des résultats de l'exercice ;
6° Les emprunts ;
7° La création de filiales et les prises, cessions ou extensions de participations financières ; la participation à des groupements d'intérêt économique ;
8° La participation à des groupements d'intérêt public ;
9° L'acceptation ou le refus des dons et legs ;
10° Les conditions générales de recrutement, d'emploi et de rémunération des personnels de droit privé ;
11° Les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés ;
12° Les acquisitions et aliénations d'immeubles ;
13° L'autorisation d'entreprendre des négociations pouvant conduire à la conclusion des conventions mentionnées au 9° de l'article R. 333-3 et les conditions dans lesquelles ces conventions ne peuvent être passées qu'avec son autorisation.
En ce qui concerne les 9° et 12°, le conseil d'administration peut déléguer une partie de ses pouvoirs au président.
Le conseil d'administration décide la création de comités dont il fixe les attributions, la composition et les conditions de fonctionnement.

Les délibérations du conseil d'administration de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer autres que celles mentionnées aux deuxième, troisième et dernier alinéas sont exécutoires quinze jours après leur réception par le commissaire du Gouvernement sauf opposition de l'un des ministres exerçant la tutelle de l'institut.
Les délibérations portant sur les matières énumérées aux 6°, 10° et 11° de l'article R. 333-5 sont exécutoires, sauf opposition de l'un des ministres exerçant la tutelle de l'institut ou du ministre chargé du budget, un mois après leur réception par le commissaire du Gouvernement.
Les délibérations portant sur les matières énumérées au 7° du même article sont exécutoires sauf opposition de l'un des ministres exerçant la tutelle de l'institut, du ministre chargé du budget ou du ministre chargé de l'économie et des finances, un mois après leur réception par le commissaire du Gouvernement.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.

Le conseil d'administration se réunit au moins trois fois par an sur convocation de son président qui fixe l'ordre du jour. Le président réunit le conseil s'il y est invité par l'un des ministres exerçant la tutelle de l'institut.
Le conseil ne délibère valablement que si la moitié au moins de ses membres est présente ou représentée à l'ouverture de la séance. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué, avec le même ordre du jour, dans un délai maximum de vingt jours. Il délibère alors sans condition de quorum.
Les membres du conseil d'administration relevant des 2° et 3° de l'article R. 333-4 peuvent se faire représenter à une séance du conseil par un membre appartenant au même collège à qui ils ont donné procuration.
Aucun membre ne peut recevoir plus d'un mandat.
Les délibérations du conseil d'administration sont prises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le président du conseil d'administration exerce la direction générale de l'établissement. Il prépare les délibérations du conseil d'administration et s'assure de leur exécution. Il représente l'institut dans tous les actes de la vie civile, dans ses rapports avec les tiers et dans ses relations internationales.
Il a autorité sur l'ensemble des services. Il recrute l'ensemble des personnels.
Il est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires.
Sous réserve des approbations nécessaires, le président a notamment qualité pour :
1° Passer au nom de l'institut tous actes, contrats ou marchés
2° Procéder à toutes acquisitions, tous dépôts ou cessions de brevet ou de licence ;
3° Représenter l'institut en justice, transiger dans tous litiges et compromettre en matière nationale et internationale avant ou après la naissance d'un différend ;
4° Déterminer l'emploi des fonds disponibles et le placement des réserves, procéder à toutes acquisitions, aliénations et transferts de valeurs ;
5° Procéder à tous achats, ventes ou locations d'immeubles, contracter tous emprunts, constituer nantissement ou hypothèque.
Il est assisté d'un ou plusieurs directeurs généraux délégués qu'il nomme.
Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs à des agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement. Il peut déléguer sa signature.
La rémunération du président est fixée par décision conjointe du ministre chargé du budget et des ministres exerçant la tutelle de l'institut.

Un commissaire du Gouvernement, désigné par arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, est placé auprès de l'établissement.
Il peut se faire communiquer toutes pièces, documents ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications. En cas d'empêchement, il peut se faire représenter aux séances du conseil d'administration par un fonctionnaire placé sous son autorité et nommément désigné.

Le comité scientifique, placé auprès du président de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer, est consulté par lui sur les programmes de recherche et sur les aspects scientifiques des programmes de développement technologique exécutés par l'institut.
Le comité scientifique donne son avis sur la cohérence d'ensemble de ces programmes et sur les priorités à accorder aux différentes propositions. Il émet des recommandations sur le développement des équipements lourds d'intérêt général, dont la gestion est confiée à l'établissement, et sur les propositions d'affectation de ces équipements au bénéfice de l'ensemble des utilisateurs. Il procède périodiquement à l'évaluation des résultats obtenus. Il peut formuler toutes propositions concernant l'orientation des recherches.
Le comité scientifique comprend seize membres, dont au moins un de nationalité étrangère. Treize membres, dont le président du comité, sont nommés par arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut, dont cinq sur proposition du président de l'institut. Trois membres sont élus par les personnels de l'institut, selon des modalités fixées par arrêté des ministres exerçant la tutelle de l'institut. Les fonctions de membre du comité scientifique, d'une durée de cinq ans, sont renouvelables.
Les membres du comité scientifique décédés, démissionnaires ou qui cessent d'exercer les fonctions au titre desquelles ils avaient été désignés ou élus sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin le mandat de leur prédécesseur.
Le comité scientifique se réunit sur convocation de son président, et, le cas échéant, à la demande du président de l'établissement.

L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer dispose notamment des ressources suivantes :
1° Subventions ;
2° Rémunérations des services rendus, recettes tirées de son activité, produit des brevets et licences ;
3° Produit des taxes parafiscales dont la perception est autorisée à son profit ;
4° Produit des emprunts ;
5° Dons et legs ;
6° Produits financiers ;
7° Contributions versées au titre de dispositions légales ou règlementaires.

L'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer est soumis aux dispositions des titres Ier et III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Conformément aux dispositions de l'article 175 du même décret, l'institut peut mettre en place des budgets annexes.
Des comptables secondaires peuvent être nommés par le président de l'institut sur proposition de l'agent comptable.
Des régies de recettes et d'avances peuvent être instituées conformément au décret n° 2019-798 du 26 juillet 2019 relatif aux régies de recettes et d'avances des organismes publics.